Chciałbym zrobić prosty łańcuch Markowa pierwszego rzędu w R. Wiem, że istnieją pakiety, takie jak MCMC, ale nie można znaleźć, aby wyświetlić go graficznie. Czy to możliwe? Byłoby miło, gdybyśmy otrzymali matrycę przejściową i stan początkowy, można wizualnie zobaczyć ścieżkę przez łańcuch Markowa (być może muszę to zrobić ręcznie ...).Prosty łańcuch Markowa w R (wizualizacja)
Dzięki.
Być może to zapytanie w Biostar może pomóc: Visualizing HMM files of HMMER3. Wskazuje on dwie zewnętrzne aplikacje, LogoMat-M i HMMeditor, służące do wizualizacji modeli Hidden Markov Profile (pHMM).
To pokazuje, jak zastosować losowy macierzy przejścia do konkretnego wektora początkowego: c (1,0,0,0):
set.seed(123)
tmat <- matrix(rnorm(16)^2,ncol=4)
# need entries to be positive, could have used abs()
tmat <- tmat/rowSums(tmat) # need the rows to sum to 1
tmat
[,1] [,2] [,3] [,4]
[1,] 0.326123580 0.01735335 0.48977444 0.166748625
[2,] 0.016529424 0.91768404 0.06196453 0.003822008
[3,] 0.546050789 0.04774713 0.33676288 0.069439199
[4,] 0.001008839 0.32476060 0.02627217 0.647958394
require(expm) # for the %^% function
matplot(t( # need to transpose to get arguments to matplot correctly
sapply(1:20, function(x) matrix(c(1,0,0,0), ncol=4) %*% (tmat %^% x))))
widać to zbliża się równowaga: 
Otrzymuję komunikat "Błąd: nieoczekiwany" ["w" [" Wykonanie wstrzymane ' –
Przykro mi to słyszeć. Kod nadal działa z dokładnie tym wyjściem w R 3.1.2 –
Hmm ... wydaje się działać w Rstudio (chociaż wypisuje również "Błąd: nieoczekiwany" ["w" ["'), ale nie kiedy wykonuję go jako Rscript przez bash. Czy masz jakiś pomysł, dlaczego? –
Pakiet coda (http://cran.r-project.org/web/packages/coda/index.html) zawiera narzędzia do analizy wyników MCMC, w tym niektóre funkcje kreślenia.
dzięki chłopaki, właśnie tego szukałem! – user1028531
Można użyć pakietu markovchain R, który modeluje dyskretne łańcuchy Markowa czasu i zawiera narzędzie do kreślenia oparte na pakiecie igraph.
library(markovchain) #loading the package
myMatr<-matrix(c(0,.2,.8,.1,.8,.1,.3,0,.7),byrow=TRUE,nrow = 3) #defining a transition matrix
rownames(myMatr)<-colnames(myMatr)<-c("a","b","c")
myMc<-as(myMatr, "markovchain")
plot(myMc)
nie jestem zaznajomiony z pakietów w tej dziedzinie, ale jeśli nie można znaleźć w puszkach kreślenia polecenia chcesz, zawsze można wyodrębnić matryc siebie i wykreślić je: http://stackoverflow.com/questions/5453336/r-plot-correlation-matrix-into-a-graph –
dzięki. to byłby kolejny pomysł na wypadek, gdyby coś takiego nie istniało :). – user1028531
trochę więcej wyjaśnień lub prosty przykład tego, co chcesz byłoby pomocne: poniższe odpowiedzi znajdują się na całej mapie, ponieważ ludzie są interpretowani na różne sposoby. –