Wizualizacja odległości między węzłami według ciężarów - z R

Question

Próbuję narysować wykres, w którym odległość między wierzchołkami odpowiada grubości krawędzi * i znalazłem, że w graphviz jest sposób na narysowanie takiego wykresu. Czy jest sposób na zrobienie tego w R z pakietem igraph (specyficznie z graph.adkacency)?

Dzięki,

Noam

• (jak kiedyś zostali poproszeni: draw a graph where the distance between vertices correspond to the edge weights)

Answer 1

Nie jest to możliwe, jak trzeba równości trójkąt dla każdego trójkąta, aby móc wykreślić takie obiekt. Więc możesz to tylko przybliżić. Do tego możesz użyć algorytmów "force embedded". Jest kilka w igraph. Często używam algorytmu Fruchtermana-Reingolda.

Patrz szczegóły:

library("igraph") 
?layout.fruchterman.reingold 

Edycja:

Należy zauważyć, że odległość pomiędzy węzłami odpowiadać będzie nieco z odwrotności absolutny ciężar krawędzi.

Answer 2

Tak jak wspomniał Sacha Epskamp, ​​chyba że dane są idealne, nie można narysować wykresu, który nie naruszałby niektórych nierówności trójkątnych. Istnieją jednak techniki o nazwie Multidimensional scaling (MDS), których celem jest zminimalizowanie takich naruszeń.

Jedna implementacja w R jest cmdscale z pakietu . Polecam na przykład u dołu ?cmdscale:

> require(graphics) 
> 
> loc <- cmdscale(eurodist) 
> x <- loc[,1] 
> y <- -loc[,2] 
> plot(x, y, type="n", xlab="", ylab="", main="cmdscale(eurodist)") 
> text(x, y, rownames(loc), cex=0.8) 

Oczywiście, można wykreślić x i y używając żadnych pakietów graficznych (pan pyta o igraph specjalnie).

Wreszcie, na pewno znajdziesz wiele innych implementacji, jeśli szukasz "wielowymiarowego skalowania" lub "MDS". Powodzenia.