Jak używać metod S3 z innego pakietu, który używa formatu eksportu zamiast S3method w swojej przestrzeni nazw bez użycia Depends lub biblioteki()

Question

Pracuję obecnie nad pakietem R i staram się postępować zgodnie z wytycznymi dotyczącymi najlepszych praktyk dostarczonymi przez Hadleya Wickhama na stronie http://r-pkgs.had.co.nz. W związku z tym zamierzam mieć wszystkie zależności od pakietu w sekcji Imports pliku DESCRIPTION, a nie Depends, ponieważ zgadzam się z filozofią niepotrzebnego zmieniania globalnego środowiska (coś, co wiele pakietów CRAN i Bioconductor don zdaje się iść za).

Chcę używać funkcji w pakiecie Biofonductor rhdf5 w ramach jednej z funkcji pakietu, w szczególności h5write(). Problem, na który teraz natknąłem, polega na tym, że nie ma on swoich metod S3 zadeklarowanych jako takie w NAMESPACE. Są one uznane za pomocą (np)

export(h5write.default) 
export(h5writeDataset.matrix) 

zamiast

S3method(h5write, default) 
S3method(h5writeDataset, matrix) 

Ogólny h5write jest zdefiniowany jako:

h5write <- function(obj, file, name, ...) { 
res <- UseMethod("h5write") 
    invisible(res) 
} 

W praktyce oznacza to, że zwraca się do rhdf5 :: h5write zawieść ponieważ nie zarejestrowano odpowiedniej metody h5write.

O ile widzę, istnieją trzy rozwiązania to:

1. Zastosowanie Depends zamiast Imports w pliku opisu.
2. Użyj library("rhdf5") lub require("rhdf5") w kodzie odpowiedniej funkcji.
3. Zmień plik NAMESPACE dla rhdf5, aby używać S3methods() zamiast export().

Wszystkie z nich mają wady. Opcja 1 oznacza, że ​​pakiet jest ładowany i dołączany do globalnego środowiska, nawet jeśli odpowiednia funkcja w moim pakiecie nigdy nie jest wywoływana. Opcja 2 oznacza użycie pakietu library w pakiecie, który ponownie dołącza pakiet do środowiska globalnego i jest również przestarzały zgodnie z wytycznymi Hadley Wickham. Opcja 3 oznaczałaby poleganie na tym, że inny autor pakietu zaktualizował swój pakiet na Bioconductor, a także oznaczał, że metody S3 nie są już eksportowane, co z kolei może złamać inne pakiety, które polegają na ich jawnym wywołaniu.

Czy przegapiłem inną alternatywę? Sprawdziłem gdzieś w StackOverflow i znalazłem następujące pytania: Importing S3 method from another package i How to export S3 method so it is available in namespace? nic, co bezpośrednio rozwiązuje mój problem. Warto zauważyć, że kluczową różnicą w stosunku do pierwszego z nich jest to, że rodzajowy i metoda znajdują się w tym samym pakiecie, ale problemem jest użycie raczej export niż S3method.

kodu do odtworzenia próbki błędu (bez konieczności tworzenia pakietu)

loadNamespace("rhdf5") 
rdhf5::h5write(1:4, "test.h5", "test") 

Error in UseMethod("h5write") : 
no applicable method for 'h5write' applied to an object of class 
"c('integer', 'numeric') 

Alternatywnie można pakiet szkielet w https://github.com/NikNakk/s3issuedemo który stanowi pojedynczą funkcję demonstrateIssue() który odtwarza komunikat. Można go zainstalować przy użyciu devtools::install_github("NikNakk/s3issuedemo").

Answer 1

Kluczem jest tutaj zaimportowanie określonych metod oprócz ogólnego, którego chcesz użyć.Oto, jak możesz go uruchomić, aby działał domyślnie.

Uwaga: zakłada to, że plik test.h5 już istnieje.

#' @importFrom rhdf5 h5write.default 
#' @importFrom rhdf5 h5write 
#' @export 
myFun <- function(){ 
    h5write(1:4, "test.h5", "test") 
} 

Podaję również mój mały pakiet demonstrujący to here.