ścieżka instalacji nie jest zapisywalna R, nie można zaktualizować pakietów

Question

Próbuję zainstalować Bioconductor w R, używając kodu na ich stronie internetowej. Po wpisaniu kodu (patrz poniżej) pojawia się komunikat o błędzie informujący, że niektórych pakietów nie można zaktualizować, a ścieżka instalacji nie jest możliwa do napisania.

> ## try http:// if https:// URLs are not supported 
> source("https://bioconductor.org/biocLite.R") 
Bioconductor version 3.4 (BiocInstaller 1.24.0), ?biocLite for help 
> biocLite() 
BioC_mirror: https://bioconductor.org 
Using Bioconductor 3.4 (BiocInstaller 1.24.0), R 3.3.2 (2016-10-31). 
installation path not writeable, unable to update packages: Matrix, mgcv, 

przetrwanie

mogę zainstalować te pakiet przechodząc do opakowań/zainstalować pakiety.

> utils:::menuInstallPkgs() 
trying URL 'https://www.stats.bris.ac.uk/R/bin/windows/contrib/3.3/Matrix_1.2-8.zip' 
Content type 'application/zip' length 2775038 bytes (2.6 MB) 
downloaded 2.6 MB 

trying URL 'https://www.stats.bris.ac.uk/R/bin/windows/contrib/3.3/mgcv_1.8- 16.zip' 
Content type 'application/zip' length 2346257 bytes (2.2 MB) 
downloaded 2.2 MB 

trying URL  'https://www.stats.bris.ac.uk/R/bin/windows/contrib/3.3/survival_2.40-1.zip' 
Content type 'application/zip' length 5109948 bytes (4.9 MB) 
downloaded 4.9 MB 

package ‘Matrix’ successfully unpacked and MD5 sums checked 
package ‘mgcv’ successfully unpacked and MD5 sums checked 
package ‘survival’ successfully unpacked and MD5 sums checked 

The downloaded binary packages are in 
    C:\Users\stxeb8\AppData\Local\Temp\Rtmp2tQZ4v\downloaded_packages 

Mogę następnie przejść do pakietów/załadować pakiety i załadować je pomyślnie i wyszukać i zobaczyć, że pakiety są tam.

> local({pkg <- select.list(sort(.packages(all.available = TRUE)),graphics=TRUE) 
+ if(nchar(pkg)) library(pkg, character.only=TRUE)}) 
Loading required package: nlme 
This is mgcv 1.8-16. For overview type 'help("mgcv-package")'. 
> local({pkg <- select.list(sort(.packages(all.available = TRUE)),graphics=TRUE) 
+ if(nchar(pkg)) library(pkg, character.only=TRUE)}) 
> local({pkg <- select.list(sort(.packages(all.available = TRUE)),graphics=TRUE) 
+ if(nchar(pkg)) library(pkg, character.only=TRUE)}) 
> local({pkg <- select.list(sort(.packages(all.available =  TRUE)),graphics=TRUE) 
+ if(nchar(pkg)) library(pkg, character.only=TRUE)}) 
> search() 
[1] ".GlobalEnv"   "package:survival"  "package:mgcv"   
[4] "package:nlme"   "package:Matrix"  "package:BiocInstaller" 
[7] "package:stats"   "package:graphics"  "package:grDevices"  
[10] "package:utils"   "package:datasets"  "package:methods"  
[13] "Autoloads"    "package:base"   

Ale wtedy, kiedy idę do zainstalowania BioConductor daje mi ten sam komunikat o błędzie, który Matrix, mgcv i przeżycia nie są w stanie być na bieżąco.

> ## try http:// if https:// URLs are not supported 
> source("https://bioconductor.org/biocLite.R") 
Bioconductor version 3.4 (BiocInstaller 1.24.0), ?biocLite for help 
> biocLite() 
BioC_mirror: https://bioconductor.org 
Using Bioconductor 3.4 (BiocInstaller 1.24.0), R 3.3.2 (2016-10-31). 
installation path not writeable, unable to update packages: Matrix, mgcv, 
    survival 

Co mogę zrobić, aby móc zaktualizować te pakiety, aby zainstalować biokondulator?

Answer 1

Wygląda na to, że kilka "zalecanych" pakietów zainstalowano w dwóch miejscach - być może przez konto administratora w katalogu, do którego nie masz prawa zapisu, a następnie przez RStudio w katalogu, w którym masz prawo do zapisu. biocLite() skarży się na to pierwsze.

Chyba że biocLite() narzeka na pakiet Bioconductor, którego nie można zainstalować (inny niż nie może być aktualizowany), nie ma problemu, a podstawowe pakiety Bioconductor zostały pomyślnie zainstalowane. Sprawdź numer https://support.bioconductor.org, aby uzyskać pomoc związaną z biokonduktorem.

Answer 2

To był problem z pozwoleniem dla mnie. Najpierw zidentyfikowałem, gdzie zostały zainstalowane pakiety, używając installed.packages() %>% .[, c("Package", "LibPath")]. (Musisz załadować pakiet magrittr, aby użyć operatora rurki %>%.) Powoduje wyświetlenie długiej 2-kolumnowej macierzy z nazwami i lokalizacjami pakietów. Wtedy zobaczysz, gdzie są pakiety naruszające prawa. W moim przypadku były to: /usr/lib/R/site-library i /usr/lib/R/library. Potem zmieniłem pozwolenie tych folderów na chmod (użyłem chmod -R 777 na głównym folderze R, to jest mój osobisty komputer, więc bezpieczeństwo nie jest tutaj dużym problemem).

Answer 3

miałem ten sam problem, a odpowiedź jest dać korzeń dostęp R tj uruchomić R lub Rstudio jako administrator.

check out to pytanie: installed directory not writable, cannot update packages 'boot', 'class', 'KernSmooth', 'mgcv', 'nnet', 'rpart', 'spatial'