Logika lokalizacji instalacji pakietów R pod Linuksem

Question

Jaka jest logika różnych lokalizacji instalacji różnych pakietów R? Wydaje mi się, że pakiety są zainstalowane w kilku różnych lokalizacjach na moim komputerze z systemem Linux. Czy to typowe zachowanie, a jeśli tak, jakie jest racjonalne instalowanie pakietu w/usr/lib/R/library vs/usr/lib/R/site-library? Naprawdę nie obchodzi mnie, gdzie jest zainstalowany pakiet, ale wydaje się nieco głupio, aby instalacje rozłożone w różnych miejscach w moim systemie.

Renviron ma poniższy komentarz, który wydaje się sugerować, że/usr/lib/R/site-library jest dla pakietów pakowanych Debiana, ale tak naprawdę nie wyjaśnia celu pozostałych dwóch katalogów. Ponadto, ustawienie ostatniej/usr/lib/R/library na liście nie sprawia, że ​​nie jest to domyślny katalog dla install.packages()?

# edd Apr 2003 Allow local install in /usr/local, also add a directory for 
#    Debian packaged CRAN packages, and finally the default dir 


> .libPaths() 
[1] "/usr/local/lib/R/site-library" "/usr/lib/R/site-library"  
[3] "/usr/lib/R/library"  

Answer 1

Matt

można uogólniać wspak ze szczególnych (Debian/Ubuntu) do ogólnej (wszystkie dystrybucje Linuksa).

Ta szczególna konfiguracja została mi zasugerowana przez dwóch członków R Core używających Debiana (i to było przed świtem Ubuntu). To jest , a nie zalecenie w skali R, dlatego nie znajdziesz go w podręcznikach, a raczej konkretne zalecenie użytkowników mocy R do wdrożenia na systemach Debian i Debian.

Podstawowym założeniem jest

• pozostać całkowicie wierny separacji /usr/, /var/, .... być obsługiwane przez system zarządzania pakietu (np apt-get, dpkg, ...) z jednej strony, a /usr/local/... etc przez użytkownika, z drugiej strony: te dwa są nigdy mix

• tak że /usr/local/lib/R/site-library dostaje jodły t miejsce w liście emitowanego przez .libPaths() i tym samym staje się domyślnie, zapewniając w ten sposób, że do opakowania zainstalowane kończy się poniżej /usr/local/ według poprzedniego punktu

• tak że poniżej /usr otrzymujemy oddzielenie R zalecanych pakowane (dołączony podstawowe źródła R: boot, grid, lattice, ...) wewnątrz /usr/lib/R/library, a następnie wszystkie inne pakiety zarządzania kontrolowaner-cran-* pakietów poniżej /usr/lib/R/site-library. Np. r-cran-xml kończy się tam, albo r-cran-zoo, lub ...

Nadal uważam, że podział jest wspaniała, i dlatego ja utrzymuję tę konfigurację w pakietach Debiana R.

Posiadanie lokalnych pakietów dla całej witryny dla wszystkich użytkowników to dobry pomysł na system operacyjny dla wielu użytkowników.