Instalowanie pakietów na R

Question

Z jakiegoś powodu nagle nie mogę zainstalować pakietów w R (później zaktualizowałem do najnowszej wersji R i używam Windows 7). Na przykład, jeśli typ:

install.packages('beeswarm') 

Instalacja pakietu w 'D:/Rlibs' (jako 'lib' jest nieokreślona) --- Proszę wybrać lustro CRAN do stosowania w tej sesji --- starając URL 'http://www.stats.bris.ac.uk/R/bin/windows/contrib/3.0/beeswarm_0.1.5.zip' Content type 'text/html' długość nieznany otworzył URL pobranych 1859 bajtów

błąd w read.dcf (file.path (pkgname "Opis"), C ("pakiet", " Wpisz ")): nie można otworzyć połączenia Ponadto: Ostrzeżenie wiadomości: 1: W unzip (zipname, exdir = dest) : błąd 1 w wypakowywaniu z pliku zip 2: W read.dcf (file.path (pkgname, "DESCRIPTION"), c ("Package", "Type")): nie można otworzyć skompresowanego pliku "beeswarm/DESCRIPTION" , prawdopodobną przyczyną „Nie ma takiego pliku lub katalogu”

Czytałem, że w Windows 7 nie może być istotne ograniczenia dotyczące praw do pisania do pewnych folderów itp więc Poszedłem do niektórych długościach zainstalować R i bibliotekę foldery w innych niż domyślny obszarach mojego komputera, i pozwolić sobie prawa do niektórych folderów, ale bez skutku. Ewentualnie również ważne jest, gdy wpisuję:

.libPaths() 

# [1] "D:/Rlibs"            
# [2] "C:/Users/L.Halsey/Documents/R/win-library/3.0"   
# [3] "C:/Users/L.Halsey/Documents/Documents/R-3.0.1/library" 

Stworzyłem kilka folderów w próbie stworzenia jednego, że mogę z powodzeniem zainstalować biblioteki do i je ustawić, aby być uznane przez R używając „zmienne środowiskowe” z przycisk Start. Nie wiem, jak usunąć którekolwiek z nich - nie jestem pewien, czy jest to istotne dla mojego ogólnego problemu, że nie można teraz instalować/aktualizować pakietów z jakiegoś powodu.

Answer 1

Zgłaszany błąd to niemożność otwarcia połączenia. W systemie Windows: often a firewall problem and is in the Windows R FAQ. Typową pierwszą próbą powinno być uruchomienie pliku internet2.dll. Z sesji konsoli można użyć:

setInternet2(TRUE) 

(Masz rację sądząc, to nie wynika z konfiguracji biblioteki Błąd mówi nic o uprawnieniach.). Nie sądzę, po prostu wpisując .libPaths powinien zwrócić ten znak wektor, ponieważ na mojej maszynie musiałbym wpisać .libPaths(), żeby zobaczyć coś takiego. Jeśli chcesz zmniejszyć liczbę miejsc dla bibliotek, możesz użyć funkcji .libPaths do ustawienia wartości. To wybrałoby drugą i trzecią z istniejących ścieżek. Wewnętrzne wywołanie pobiera wektor ścieżki, a wywołanie zewnętrzne ustawia je w zredukowanym wektorze.

Answer 2

Prawdopodobnie będę powielać wiele innych odpowiedzi na stackoverflow, ale mam dokładnie taki sam błąd jak OP, a mianowicie: Warning messages: 1: In unzip(zipname, exdir = dest) : error 1 in extracting from zip file 2: In read.dcf(file.path(pkgname, "DESCRIPTION"), c("Package", "Type")) : cannot open compressed file 'zoo/DESCRIPTION', probable reason 'No such file or directory'

okazało, a ja jako użytkownik miał uprawnienia do zapisu w pewien katalog, R nie. Aby mieć pewność, że nie ma czegoś podobnego, czy następuje:

1. dostać dysk USB, nazwijmy to E
2. pakietu źródłowego Pobierz jako a.zip i zapisać go na USB dysku w jakimś katalogu, nazwijmy go E:/źródło
3. Tworzenie katalogu dla bibliotek na dysku USB, nazwijmy go E:/libs

4. zainstalować pakiety telefoniczne polecenie R install.package z konsola R i ustawieniu wszystkich odpowiednich katalogów wskazać na dysku uSB:

   (tutaj używam pakietu zoo jako przykład)

   install.packages("E:/source/zoo_1.7-12.zip", 
          destdir = 'E:/source', # no "/" after the path 
          lib = 'E:/libs', 
          repos = NULL) 
   

5. załadować pakiet z katalogu, w którym został zainstalowany: library('zoo', lib.loc = 'E:/libs')

---

po upewnieniu się, że działa w ten sposób na dysku USB, można rozpocząć rozwiązywanie uprawnienia katalogów i wypróbować przez zmianę ścieżki w powyższym kodzie.

zmiana: W niektórych środowiskach Windows nawet twój USB-stick mogą być chronione przed odczytem zapisu przez R. Należy sprawdzić uprawnienia do korzystania z urządzenia użytkownik pracuje z.

Answer 3

Następujące pracował dla mnie (na podstawie odpowiedzi powyżej)

install.packages ("clustvarsel" lib = "C:/Users/dnentchev/My Programy/R-3.2.2/Library")

Answer 4

Uruchamianie RStudio jako administrator naprawiło to za mnie!