zainstalowany katalog nie jest zapisywalny, nie można zaktualizować pakietów 'rozruchowych', 'klasy', 'KernSmooth', 'mgcv', 'nnet', 'rpart', 'przestrzennych'

Question

Zainstalowałem pakiety Bioconductor na R wersji 3.1.2 na Ubuntu 14.04 i otrzymaliśmy poniższy komunikat:

pobranego pakietów źródłowych w '/ tmp/RtmpZYw0Qp/downloaded_packages' komunikat ostrzegawczy: zainstalowany katalog nie jest zapisywalny, nie może zaktualizować pakietów 'boot', 'klasa', "KernSmooth", "mgcv", "nnet", "rpart", "przestrzenny"

Co robi to znaczy i jak wpływa na używanie powyższych pakietów na R?

Answer 1

Ostrzeżenie oznacza, że ​​dostępne są nowsze wersje wymienionych pakietów, ale nie można zaktualizować wersji, ponieważ nie można zapisać katalogu, w którym zainstalowane są pakiety. Zwykle oznacza to, że R został zainstalowany z uprawnieniami administratora systemu, ale próbujesz zaktualizować pakiety jako zwykły użytkownik.

Konsekwencją jest brak dostępnych funkcji lub poprawek zaimplementowanych w zaktualizowanych pakietach. Konkretne konsekwencje mogą obejmować od drobnych poprawek typograficznych na stronie podręcznika po poważne poprawki błędów. Jakościowo zakładam, że "nie ma znaczenia" dla większości zastosowań.

Rozwiązaniem jest zaktualizowanie tych pakietów, gdy uruchomiony R jako użytkownik z uprawnieniami do zapisu pakietów zainstalowanych w katalogach - zazwyczaj ostatni element wyjściu .libPaths() lub bardziej drobnoziarnisty poprzez installed.packages()[, "LibPath"]

Answer 2

Zmierzyłem się z tym samym problemem, pracując w R-studio. Rozwiązaniem jest udzielenie root dostępu do R.

W systemie Windows oznacza to, że musisz uruchomić program jako administrator.

W systemach Unix/Linux należy uruchomić R z terminala, wykonując sudo R.

Następnie, po uruchomieniu z odpowiednimi uprawnieniami, możesz spróbować zainstalować pakiet i powinno działać.

Answer 3

Tego samego dnia spotkałem się z tym samym problemem podczas instalowania trzech pakietów Bioconductor w systemie Windows. Dwa (zależności pakietu, którego naprawdę chciałem) były już w moim systemie w nowszych formach (jak opisano w @ Martin-Morgan), więc żadne działanie nie było konieczne. Jednak jeden nie został zainstalowany. W tym trzecim pakiecie odniosłem sukces, wykonując instalację z lokalnego pliku, który został pobrany podczas nieudanej instalacji bez konieczności eskalowania przywilejów (co było moim następnym krokiem zgodnie z opisem @Ninadmw).

W R, przejdź do menu Packages/Install Package(s) from local files i przejdź do lokalnego katalogu pobierania, który w twoim przypadku był /tmp/RtmpZYw0Qp/downloaded_packages, i wybierz pakiet, który chcesz zainstalować.

W RStudio (który należy użyć), przejdź do menu Tools\Install Packages zmienić instalację z pola na Package Archive File (.zip; .tar.gz) użyć Browse... aby przejść do wymienionego katalogu pobierania, który w danym przypadku było /tmp/RtmpZYw0Qp/downloaded_packages i wybierz pakiet, który chcesz zainstalować. Następnie kliknij przycisk Install.