Porządek i kolor prętów w ggplot2 barplot

Question

Mam bardzo irytujący problem z ułożonymi wykresami słupkowymi utworzonymi przy użyciu ggplot2. Jest kilka podobnych pytań zadanych wcześniej, ale po przejściu przez przykładowy kod nie mogę zrozumieć, co robię źle.

Chciałbym utworzyć wykres tak, aby paski były układane w następującej kolejności na podstawie ich Biogeographic.affinity: (od góry do dołu = basian, rozpowszechniony, torresowski i Eyrean). Kolory pasków powinny być następujące: (Bassian = drakgrey, Widespread = lightgrey, Torresian = biały i Eyrean = czarny).

To właśnie zbiór danych wygląda następująco:

biogeo 
     Site Biogeographic.affinity Rank Number.of.species Total.Species Percent 
    1  A    Bassian 1     1   121 0.8264463 
    2  A     Eyrean 4    39   121 32.2314050 
    3  A    Torresian 3    62   121 51.2396694 
    4  A    Widespread 2    19   121 15.7024793 
    5 DD    Bassian 1     1   128 0.7812500 
    6 DD     Eyrean 4    46   128 35.9375000 
    7 DD    Torresian 3    63   128 49.2187500 
    8 DD    Widespread 2    18   128 14.0625000 
    9 E_W    Bassian 1     1   136 0.7352941 
    10 E_W     Eyrean 4    54   136 39.7058824 
    11 E_W    Torresian 3    65   136 47.7941176 
    12 E_W    Widespread 2    16   136 11.7647059 
    13 KS    Bassian 1     2   145 1.3793103 
    14 KS     Eyrean 4    63   145 43.4482759 
    15 KS    Torresian 3    62   145 42.7586207 
    16 KS    Widespread 2    18   145 12.4137931 
    17 Z_Ka    Bassian 1     1   110 0.9090909 
    18 Z_Ka     Eyrean 4    64   110 58.1818182 
    19 Z_Ka    Torresian 3    31   110 28.1818182 
    20 Z_Ka    Widespread 2    14   110 12.7272727 

Jest to kod Pisałem tak daleko (w tym niektóre z moich nieudanych prób rozwiązania problemu).

ggplot(data=biogeo, aes(x=Site, y=Percent, fill=Biogeographic.affinity)) + geom_bar(stat="identity", colour="black")+ 
    scale_fill_grey() + ylab("Percent") + xlab("Location") +  
    theme_bw()+ theme(panel.grid.minor = element_blank()) 

Daje to podstawowy wykres, ale kolory i kolejność są nadal nieprawidłowe. Aby skorygować kolejność próbowałem, ale to niczego nie zmienia (sfrustrowany) !:

newone <- transform(biogeo, Biogeographic.affinity = factor(Biogeographic.affinity), Rank = factor(Rank, levels = 1:4)) 

Co do zmiany kolorów próbowałem i wydaje się działać, ale to wszystko wygląda kolejność nadal jest zły!

cols<- c("Bassian"="darkgrey","Widespread"="lightgrey", "Torresian"="white", "Eyrean"="black") #designates the colors of the bars 
ggplot(data=newone, aes(x=Site, y=Percent, fill=Biogeographic.affinity)) + geom_bar(stat="identity", colour="black")+ 
    scale_fill_manual(values = cols) + ylab("Percent") + xlab("Location") +  
    theme_bw()+ theme(panel.grid.minor = element_blank()) 

proszę o pomoc.

Answer 1

Kolejność, w której pręty są rysowane (od dołu do góry) w ułożonym prętem w ggplot2, opiera się na uporządkowaniu czynnika, który definiuje grupy. Tak więc współczynnik Biogeographic.affinity musi zostać ponownie uporządkowany. Generalnie używamy reorder (jeśli chcemy zamówić czynnik zgodnie z ciągłymi poziomami), ale tutaj po prostu utworzę nowy uporządkowany czynnik podobny do tego, co próbowałeś zrobić.

biogeo <- transform(biogeo, 
       Biog.aff.ord = factor(
        Biogeographic.affinity , 
        levels=c('Bassian','Widespread','Torresian', 'Eyrean'), 
        ordered =TRUE)) 

Teraz, jeśli wypełni barplot korzystając Biog.aff.ord zamiast pierwotnego czynnika i przesłanianie domyślny porządek grupowania definiując aes_group_order jako Biog.aff.ord celu osiągnięcia oczekiwanego rezultatu:

cols <- c(Bassian="darkgrey",Widespread="lightgrey", 
      Torresian="white", Eyrean="black") 
ggplot(data=biogeo, aes(x=Site, y=Percent, 
     order=Biog.aff.ord)) + ##!! aes_group_order 
    geom_bar(stat="identity", colour="black", 
     aes(fill=Biog.aff.ord)) + 
    scale_fill_manual(values = cols)