numpy undefined symbol: PyFPE_jbuf

Question

Próbuję użyć zestawu danych One Million Song, w tym celu musiałem zainstalować tabele Pythona, numpy, Cython, Hdf5, Numexpr i tak.

Wczoraj udało mi się zainstalować wszystko, co było mi potrzebne, a po kłopotach z hdf5, pobrałem skompilowane pakiety binarne i zapisałem je w folderze/bin, a odpowiednie biblioteki w/lib, po czym przetestowałem ten python skrypt: http://labrosa.ee.columbia.edu/millionsong/sites/default/files/tutorial1.py.txt

i wszystko działało dobrze, aby było jasne, że udało mi się uruchomić skrypt i rozpocząć instalowanie potrzebnych zależności, ale dzisiaj zrestartowałem mój laptop i nie działało, teraz wyrzuca mi ten błąd w konsoli:

python2.7 script.py 

powraca:

wydaje mi się, że w takim pliku brakuje zmiennej, przypuszczam, że skrypt szuka biblioteki numpy w niewłaściwym miejscu, ponieważ wykonałem tyle nieudanych instalacji, może coś zepsułem i tylko opracowany, ponieważ został załadowany do tymczasowej pamięci komputera.

Próbowałem instalacji Anaconda, i stworzył nowe środowisko i zainstalowany pakowane z menedżera pakietów anakonda, a nawet, że wymieniłem wszystkie pakowane i powraca:

# packages in environment at /home/francisco/anaconda2/envs/Music: 
# 
biopython     1.66    np110py27_0 
cython     0.23.4     <pip> 
hdf5      1.8.15.1      2 
mkl      11.3.1      0 
numexpr     2.5     np110py27_0 
numpy      1.10.4     py27_1 
openssl     1.0.2g      0 
pillow     3.1.1      <pip> 
pip      8.1.1     py27_0 
pytables     3.2.2    np110py27_1 
python     2.7.11      0 
python-ldap    2.4.25     <pip> 
readline     6.2       2 
reportlab     3.3.0      <pip> 
requirements    0.1      <pip> 
setuptools    20.3      py27_0 
sqlite     3.9.2       0 
tables     3.2.2      <pip> 
tk      8.5.18      0 
wheel      0.29.0     py27_0 
zlib      1.2.8       0 

ja wciąż dostać ten sam błąd. Naprawdę potrzebuję pomocy i nie wiem, co jeszcze spróbować. Dzięki.

Answer 1

ironia w najlepszym wydaniu, zrestartowałem laptopa bez robienia niczego, i zadziałało. Nie mogę zrozumieć, dlaczego.

Answer 2

Miałem ten sam problem, prawdopodobnie zainstalowałeś numpy bez Anacondy, więc istnieje konflikt z tego powodu, który jest niewygodny w użyciu: ten zainstalowany z pip lub conda. Kiedy usunąłem numak non-Anaconda, błąd zniknął.

pip uninstall numpy 

Answer 3

Początkowo zainstalowałem cython za pomocą systemu/usr/bin/pip i anconda pip. Odinstalowałem system cython przy użyciu system pip i ponownie zainstalowałem przy użyciu conda install cython. Działa teraz.

Answer 4

Zgadzam się z poprzednimi wpisami, które wydają się być spowodowane przez zainstalowanie wielu wersji numpy. Dla mnie nie wystarczyło używać PIPa, ponieważ miałem też zainstalowane różne wersje PIP.

Określanie konkretnego pip rozwiązał problem:

/usr/bin/pip3 uninstall numpy 

Answer 5

Dla użytkowników Cython:

Na żadnym z powyższych podejść pracował. This post był pomocny. Wyjaśniono, że istnieje pewna flaga (--with-fpectl), która jest ustawiana podczas kompilacji cpython lub nie. Jeśli biblioteka została skompilowana pod cpythonem bez tej flagi, jest niekompatybilna z wersją z tym zestawem flag. Jest to widoczne tylko wtedy, gdy używasz cythonu, ponieważ numpy nie używa tego rozszerzenia.

Jak dalej stwierdzono w tym poście, mój Ubuntu 16.04 został utworzony z tą flagą, ale Conda bez. Dla mnie był to szczególnie moduł hmmlearn rzucanie niezdefiniowanego błędu symbolu.Musiało tak być dlatego, że został dostarczony przez Ubuntu z flagą ustawioną nie przez anakondę. Więc odinstalowałem hmmlearn i zainstalowałem go ponownie od sourcescode. (Anaconda niestety nie oferuje hmmlearn). -> Działa!