Jak sprawdzić dane.frame dla każdego nieskończonego

Chciałbym sprawdzić, czy data.frame ma żadnych elementów nieskończonych.Jak sprawdzić dane.frame dla każdego nieskończonego

Wydaje ocenić każdą kolumnę, wracając FAŁSZ dla każdego (zgaduję jego oceny data.frame jako lista):

any(!is.finite(x))

ja nie rozumiem, dlaczego ten zachowuje się inaczej niż powyższe , ale działa dobrze, jeśli po prostu sprawdzanie dla NA:

any(!is.na(x))

Chciałbym, aby rozwiązanie było tak wydajne, jak to tylko możliwe. Zdaję sobie sprawę, mogę po prostu zrobić ...

any(!is.finite(as.matrix(x)))

Źródło

2011-11-17 SFun28

Wydajność jest dobra, ale ... czy masz jakiekolwiek dowody na to, że szybkość tego testu jest (lub będzie) wąskim gardłem w Twojej analizie? –

Jest mało prawdopodobne, aby był wąskim gardłem. Widzę to pytanie jako okazję, aby dowiedzieć się więcej o R. Zastanawiam się, czy brakuje mi jakiejś techniki oceny elementów w data.frame, poza oczywistą techniką konwersji na inny typ danych. – SFun28

Jeśli wpiszesz methods(is.na) zobaczysz, że ma data.frame metodę, która prawdopodobnie wyjaśnia, dlaczego to działa zgodnie z oczekiwaniami, gdzie is.finite nie. Typowym rozwiązaniem byłoby napisanie go samemu, ponieważ jest to tylko jedna linia. Coś takiego może,

is.finite.data.frame <- function(obj){ 
    sapply(obj,FUN = function(x) all(is.finite(x))) 
}

Źródło

2011-11-17 19:46:01 joran

Dzięki za wskaźnik do metod() i rozwiązanie! Użyłbym "wszystkich" zamiast "dowolnych" i zdefiniowałbym skończoną kolumnę data.frame jako kolumnę zawierającą tylko finite – SFun28

@ SFun28 Dobrze, dzięki. Wpisany trochę zbyt szybko. Edytowane w celu odzwierciedlenia Twojego punktu widzenia. – joran

Jestem zakładając błąd otrzymujesz jest następujący:

> any(is.infinite(z)) 
Error in is.infinite(z) : default method not implemented for type 'list'

Ten błąd jest ponieważ is.infinite() oraz funkcje is.finite() nie są realizowane w sposób dla danych .frames. Funkcja is.na() ma metodę data.frame.

Sposób obejścia tego problemu to apply() funkcja dla każdego wiersza, kolumny lub elementu w data.frame. Oto przykład z użyciem sapply() zastosować funkcję is.infinite() do każdego elementu:

x <- c(1:10, NA) 
y <- c(1:11) 
z <- data.frame(x,y) 
any(sapply(z, is.infinite)) 
## or 

any(! sapply(z, is.finite))

Źródło

2011-11-17 19:53:58

Jedną z różnic jest to, że is.na i is.finite są różne rodzaje funkcji. is.na jest generyczna i będzie wysyłana w oparciu o klasę argumentu.

> methods("is.na") 
[1] is.na.data.frame  is.na.numeric_version is.na.POSIXlt   
[4] is.na.raster*   

    Non-visible functions are asterisked

Należy zwrócić szczególną uwagę na funkcję is.na.data.frame. Patrząc na tej funkcji:

> is.na.data.frame 
function (x) 
{ 
    y <- do.call("cbind", lapply(x, "is.na")) 
    if (.row_names_info(x) > 0L) 
     rownames(y) <- row.names(x) 
    y 
} 
<bytecode: 00000000054F40F0> 
<environment: namespace:base>

część, która działa jest wezwanie do.call("cbind", lapply(x, "is.na")) co stawia kolumny razem (cbind), które są wynikiem lapply(x, "is.na"). Bieganie po prostu to na przykładzie data.frame (mtcars):

> lapply(mtcars, "is.na") 
$mpg 
[1] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE 
[13] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE 
[25] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE 

$cyl 
[1] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE 
[13] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE 
[25] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE 

$disp 
[1] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE 
[13] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE 
[25] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE 

$hp 
[1] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE 
[13] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE 
[25] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE 

$drat 
[1] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE 
[13] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE 
[25] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE 

$wt 
[1] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE 
[13] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE 
[25] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE 

$qsec 
[1] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE 
[13] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE 
[25] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE 

$vs 
[1] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE 
[13] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE 
[25] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE 

$am 
[1] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE 
[13] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE 
[25] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE 

$gear 
[1] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE 
[13] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE 
[25] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE 

$carb 
[1] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE 
[13] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE 
[25] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE

widzimy, że jest to naprawdę tylko obliczenie kolumny mądry, umieścić z powrotem razem w data.frame.

Porównaj to is.finite, który nie ma określonej funkcji dla data.frames:

> methods("is.finite") 
no methods were found

W rzeczywistości jest prymitywny sposób, co oznacza, że dane są w postaci kodu C nie kodowania R.

> is.finite 
function (x) .Primitive("is.finite")

Jeśli chcesz wykonać obliczenia kolumny mądry z is.finite można owinąć go jak is.na.data.frame robi.

> do.call(cbind, lapply(mtcars, is.finite)) 
     mpg cyl disp hp drat wt qsec vs am gear carb 
[1,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE 
[2,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE 
[3,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE 
[4,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE 
[5,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE 
[6,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE 
[7,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE 
[8,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE 
[9,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE 
[10,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE 
[11,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE 
[12,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE 
[13,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE 
[14,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE 
[15,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE 
[16,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE 
[17,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE 
[18,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE 
[19,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE 
[20,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE 
[21,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE 
[22,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE 
[23,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE 
[24,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE 
[25,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE 
[26,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE 
[27,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE 
[28,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE 
[29,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE 
[30,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE 
[31,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE 
[32,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE

Ten ostatni może być również zdobyć jak

sapply(mtcars, is.finite)

Brak badań na co byłoby najbardziej skuteczne, choć.

Źródło

2011-11-17 19:57:18

dzięki, Brian! Doceniam podział is.na.data.frame – SFun28

Twoje rozwiązanie wywoływania as.matrix będzie działać tylko wtedy, gdy tylko data.frame ma kolumny liczbowe. W przeciwnym razie matryca stanie się zwykle matrycą znaków, a wynik będzie fałszem wszędzie ...

@joran ma dobre podejście, ale będziesz mieć problemy z kolumnami czynników, chyba że dodasz metodę dla czynników itp. ..

is.finite(letters[1:3])   # FALSE - OK 
is.finite(factor(letters[1:3])) # TRUE - WRONG!! 

is.finite.factor <- function(obj){ 
    logical(length(obj)) 
} 

is.finite(factor(letters[1:3])) # FALSE - OK

Ponadto, jeśli chcesz sprawdzić się tak szybko, jak to możliwe, należy unikać sapply i zamiast iść do vapply.

d <- data.frame(matrix(runif(1e6), nrow=10), letters[1:10]) 

# @joran's method 
is.finite.data.frame <- function(obj){ 
    sapply(obj,FUN = function(x) all(is.finite(x))) 
} 

system.time(x <- is.finite(d)) # 0.42 secs 

# Using vapply instead... 
is.finite.data.frame <- function(obj) { 
    vapply(obj,FUN = function(x) all(is.finite(x)), logical(1)) 
} 

system.time(y <- is.finite(d)) # 0.20 secs 

identical(x,y) # TRUE

Źródło

2011-11-17 20:00:21 Tommy

Świetne informacje o as.matrix, kolumnach współczynników i vapply! Ta odpowiedź jest pełna dobrych rzeczy. =) – SFun28

Jak sprawdzić dane.frame dla każdego nieskończonego

Odpowiedz

Powiązane problemy