Przedefiniowanie funkcji w pakiecie R

Question

że próbuje modyfikować i ponownego funkcji (xcmsRaw) w xcms pakietu R najpierw definiowania funkcji

my.xcmsRaw <- function(filename, profstep = 1, profmethod = "bin", 
        profparam = list(mzcorrf=1), # PATCH - mzcorrf is the m/z correction factor, e.g. 0.99888 for long-chain hydrocarbons 
        includeMSn = FALSE, mslevel=NULL, 
        scanrange=NULL) { ... } 

i wpisywania

unlockBinding("xcmsRaw", as.environment("package:xcms")) 
assign("xcmsRaw", my.xcmsRaw, as.environment("package:xcms")) 
lockBinding("xcmsRaw", as.environment("package:xcms")) 

Jednakże, gdy Uruchomiłem go, ponieważ powoduje to błąd spowodowany przez nie odnalezienie funkcji profBinM, która jest funkcją kodu C. jon zdefiniowany w pliku xcms.c pakietu xcms.

Wszelkie uwagi na temat tego, jak rozwiązać ten problem? (Ja pracuje pod kontrolą systemu Windows 7, stosując R w wersji 3.0.0)

Answer 1

Dzięki Josh - w moim przypadku mam to działa teraz poprzez

modifline='if ((profparam$mzcorrf!=1)&length(unique(rawdata$mz - trunc(rawdata$mz)))!=1) {rawdata$mz=rawdata$mz*profparam$mzcorrf} else if (profparam$mzcorrf!=1) {print("Exact masses were already rounded to nominal masses");profparam$mzcorrf=1}' 
insertatline=6 
trace(xcmsRaw, tracer=modifline,at=c(insertatline)) 

gdzie znalazłem właściwą linię do wstawienia mój zmodyfikowanego kodu przy użyciu

as.list(body(xcmsRaw)) 

w celu wyeliminowania śladowych ilości wyjściowego następnie określono drugą funkcję

xcmsRaw2=function(...) {sink("NUL");obj=xcmsRaw(...);sink();return(obj) } 

który może być wywołanym i który nie zapewnia żadnego niepotrzebnego wyniku śledzenia.

Nadal byłoby miło, gdyby działało to również poprzez assignInNamespace(), ponieważ pozwoliłoby to na bardziej rozbudowane edycje/redefinicje, a także na zmiany w argumentach funkcji (co byłoby częstym powodem do przedefiniowania funkcji, to jest , aby wziąć dodatkowy argument) ...