Aktualizacja do wersji 3.0.0 pozostawiła mnóstwo niekompatybilnych pakietów 2.x

W systemie Ubuntu 10.04 zaktualizowałem wczoraj obciążenie pakietów R (Ubuntu). Wtedy pierwszy skrypt R, którego próbowałem, powiedział mi, że zoo nie zostało zbudowane dla wersji 3.0.0. Tak więc robię sudo R, a następnie update.packages(ask=F) zakładając, że przyniosą wszystkie synchronizowane pakiety CRAN, które zainstalowałem w ciągu ostatnich kilku lat.Aktualizacja do wersji 3.0.0 pozostawiła mnóstwo niekompatybilnych pakietów 2.x

Ale tak się nie stało, a zoo, Rcpp i inne nie działają. W rzeczywistości ponad połowa zainstalowanych pakietów jest nadal tworzona dla wersji 2.x.x; lista jest poniżej (x=installed.packages();x[sort.list(x[,'Built']),c('Built','Version','Depends','LinkingTo','NeedsCompilation')])

Czy to trudne, nie wszystkie pakiety są gotowe do wersji 3.0.0 i powinienem (w Ubuntu) powrócić do poprzedniej wersji? Czy muszę używać innej witryny CRAN dla 3.x.x? Czy usunięcie wszystkich pakietów 2.x, a następnie zainstalowanie ich ponownie, naprawi? Lub ...?

    Built Version  Depends               LinkingTo    NeedsCompilation 
Defaults   "2.13.1" "1.1-1"  NA                 NA     NA    
itertools   "2.13.1" "0.1-1"  "R (>= 2.5.0), iterators(>= 1.0.0)"        NA     NA    
openNLP    "2.13.1" "0.0-8"  NA                 NA     NA    
reshape    "2.13.1" "0.8.4"  "R (>= 2.6.1), plyr"            NA     NA    
RUnit    "2.13.1" "0.4.26" "R (>= 2.5.0), utils (>= 2.5.0), methods (>= 2.5.0)"    NA     NA    
multicore   "2.14.1" "0.1-7"  "R (>= 2.0.0)"              NA     NA    
RMySQL    "2.15.0" "0.9-3"  "R (>= 2.8.0), methods, DBI (>= 0.2-2), utils"      NA     NA    
foreach    "2.15.1" "1.4.0"  "R (>= 2.5.0)"              NA     NA    
iterators   "2.15.1" "1.0.6"  "R (>= 2.5.0), utils"            NA     NA    
labeling   "2.15.1" "0.1"  NA                 NA     NA    
memoise    "2.15.1" "0.1"  NA                 NA     NA    
RColorBrewer  "2.15.1" "1.0-5"  "R (>= 2.0.0)"              NA     NA    
bitops    "2.15.2" "1.0-5"  NA                 NA     NA    
e1071    "2.15.2" "1.6-1"  "class"               NA     NA    
IBrokers   "2.15.2" "0.9-10" "xts"                NA     NA    
mgcv    "2.15.2" "1.7-22" "R (>= 2.14.0), stats, graphics"         NA     NA    
munsell    "2.15.2" "0.4"  NA                 NA     NA    
randomForest  "2.15.2" "4.6-7"  "R (>= 2.5.0), stats"            NA     NA    
rbenchmark   "2.15.2" "1.0.0"  NA                 NA     NA    
tree    "2.15.2" "1.0-33" "R (>= 2.15.0), grDevices, graphics, stats"      NA     NA    
tseries    "2.15.2" "0.10-30" "R (>= 2.10.0)"             NA     NA    
zoo     "2.15.2" "1.7-9"  "R (>= 2.10.0), stats"            NA     NA    
Cairo    "2.15.3" "1.5-2"  "R (>= 2.4.0)"              NA     NA    
dichromat   "2.15.3" "2.0-0"  "R (>= 2.10), stats"            NA     NA    
digest    "2.15.3" "0.6.3"  "R (>= 2.4.1)"              NA     "yes"    
doMC    "2.15.3" "1.3.0"  "R (>= 2.14.0), foreach(>= 1.2.0), iterators(>= 1.0.0),\nparallel" NA     "no"    
FastRWeb   "2.15.3" "1.1-0"  "R (>= 2.0.0), Cairo"            NA     NA    
forecast   "2.15.3" "4.03"  "R (>= 2.14.0), stats, graphics"         "Rcpp, RcppArmadillo" "yes"    
fracdiff   "2.15.3" "1.4-2"  NA                 NA     NA    
ggplot2    "2.15.3" "0.9.3.1" "R (>= 2.14), stats, methods"          NA     "no"    
gtable    "2.15.3" "0.1.2"  "R (>= 2.14), grid"            NA     NA    
inline    "2.15.3" "0.3.11" "R (>= 2.4.0), methods"           NA     "no"    
microbenchmark  "2.15.3" "1.3-0"  NA                 NA     "yes"    
nnet    "2.15.3" "7.3-6"  "R (>= 2.14.0), stats, utils"          NA     "yes"    
PerformanceAnalytics"2.15.3" "1.1.0"  "R (>= 2.14.0), zoo, xts (>= 0.8-9)"        NA     NA    
plyr    "2.15.3" "1.8"  "R (>= 2.11.0)"             NA     NA    
proto    "2.15.3" "0.3-10" NA                 NA     NA    
quantmod   "2.15.3" "0.4-0"  "Defaults, xts(>= 0.9-0), zoo, TTR(>= 0.2), methods"    NA     NA    
Rcpp    "2.15.3" "0.10.3" "R (>= 2.15.1)"             NA     "yes"    
RcppArmadillo  "2.15.3" "0.3.800.1" "R (>= 2.14.0), Rcpp (>= 0.10.2)"         "Rcpp"    "yes"    
RCurl    "2.15.3" "1.95-4.1" "R (>= 2.7.0), methods, bitops"         NA     "yes"    
reshape2   "2.15.3" "1.2.2"  NA                 NA     NA    
RInside    "2.15.3" "0.2.10" "R (>= 2.10.0), Rcpp (>= 0.8.5)"         "Rcpp"    NA    
rJava    "2.15.3" "0.9-4"  "R (>= 2.5.0), methods"           NA     "yes"    
rjson    "2.15.3" "0.2.12" "R (>= 2.12.0)"             NA     NA    
Rserve    "2.15.3" "1.7-0"  "R (>= 1.5.0)"              NA     NA    
RWeka    "2.15.3" "0.4-16" "R (>= 2.6.0)"              NA     "no"    
RWekajars   "2.15.3" "3.7.9-1" NA                 NA     "no"    
scales    "2.15.3" "0.2.3"  "R (>= 2.12), methods"            NA     NA    
slam    "2.15.3" "0.1-28" "R (>= 2.8.0)"              NA     NA    
stringr    "2.15.3" "0.6.2"  "R (>= 2.14)"              NA     NA    
tm     "2.15.3" "0.5-8.3" "R (>= 2.14.0), methods"           NA     NA    
TTR     "2.15.3" "0.22-0" "xts (>= 0.9-3)"             "xts"     "yes"    
XML     "2.15.3" "3.96-1.1" "R (>= 1.2.0), methods, utils"          NA     "yes"    
xts     "2.15.3" "0.9-3"  "zoo (>= 1.7-2)"             "zoo (>= 1.7.2)"  NA    
xtsExtra   "2.15.3" "0.0-1"  "zoo, xts"               NA     NA    
colorspace   "3.0.0" "1.2-2"  "R (>= 2.13.0), methods"           NA     "yes"    
DBI     "3.0.0" "0.2-7"  "R (>= 2.15.0), methods"           NA     "no"    
Hmisc    "3.0.0" "3.10-1.1" "R (>= 2.4.0), methods, survival"         NA     "yes"    
quadprog   "3.0.0" "1.5-5"  "R (>= 2.15.0)"             NA     "yes"    
RSQLite    "3.0.0" "0.11.3" "R (>= 2.10.0), methods, DBI (>= 0.2-5)"       NA     "yes"    
base    "3.0.0" "3.0.0"  NA                 NA     NA    
boot    "3.0.0" "1.3-9"  "R (>= 3.0.0), graphics, stats"         NA     NA    
class    "3.0.0" "7.3-7"  "R (>= 3.0.0), stats, utils"          NA     "yes"    
cluster    "3.0.0" "1.14.4" "R (>= 2.10.0), stats, graphics, utils"       NA     "yes"    
codetools   "3.0.0" "0.2-8"  "R (>= 2.1)"              NA     NA    
compiler   "3.0.0" "3.0.0"  NA                 NA     NA    
datasets   "3.0.0" "3.0.0"  NA                 NA     NA    
foreign    "3.0.0" "0.8-53" "R (>= 2.14.0), stats"            NA     "yes"    
graphics   "3.0.0" "3.0.0"  NA                 NA     NA    
grDevices   "3.0.0" "3.0.0"  NA                 NA     NA    
grid    "3.0.0" "3.0.0"  NA                 NA     NA    
KernSmooth   "3.0.0" "2.23-10" "R (>= 2.5.0), stats"            NA     "yes"    
lattice    "3.0.0" "0.20-15" "R (>= 2.15.1)"             NA     "yes"    
MASS    "3.0.0" "7.3-26" "R (>= 3.0.0), grDevices, graphics, stats, utils"     NA     "yes"    
Matrix    "3.0.0" "1.0-12" "R (>= 2.15.0), stats, methods, utils, lattice"     NA     "yes"    
methods    "3.0.0" "3.0.0"  NA                 NA     NA    
mgcv    "3.0.0" "1.7-22" "R (>= 2.14.0), stats, graphics"         NA     NA    
nlme    "3.0.0" "3.1-109" "graphics, stats, R (>= 3.0.0)"         NA     NA    
nnet    "3.0.0" "7.3-6"  "R (>= 2.14.0), stats, utils"          NA     "yes"    
parallel   "3.0.0" "3.0.0"  NA                 NA     NA    
rpart    "3.0.0" "4.1-1"  "R (>= 2.14.0), graphics, stats, grDevices"      NA     "yes"    
spatial    "3.0.0" "7.3-6"  "R (>= 3.0.0), graphics, stats, utils"        NA     NA    
splines    "3.0.0" "3.0.0"  NA                 NA     NA    
stats    "3.0.0" "3.0.0"  NA                 NA     NA    
stats4    "3.0.0" "3.0.0"  "methods, graphics, stats"           NA     NA    
survival   "3.0.0" "2.37-4" "stats, utils, graphics, splines, R (>= 2.13.0)"     NA     "yes"    
tcltk    "3.0.0" "3.0.0"  NA                 NA     NA    
tools    "3.0.0" "3.0.0"  NA                 NA     NA    
utils    "3.0.0" "3.0.0"  NA                 NA     NA

Źródło

2013-05-12 Darren Cook

BTW Istnieje 110 pakietów na CRAN które zależą RCPP, a oni wszelkich prac z R 2,15 * _i_ R 3.0.0, ale trzeba wziąć prawidłowo. dbanie o rzeczy na końcu. –

Na marginesie: używanie 'sudo' nie jest prawdopodobnie świetnym pomysłem; lepiej byłoby zrobić się członkiem grupy, która jest właścicielem katalogu biblioteki. – GSee

Możesz pozbyć się kilku kolumn, tak aby ważna kolumna (z prawej strony) była łatwiejsza do odnalezienia (bez konieczności przewijania). Przegapiłem to po raz pierwszy patrząc na ten post. –

żądane polecenie jest nie co ci państwo: update.packages(ask=F) lecz po update.packages(ask=FALSE, checkBuilt=TRUE).

Spróbuj tego, a wszystkie nadal utrzymywane i dostępne pakiety CRAN będą oczywiście załatwione. Rzeczy zainstalowane przez Githuba, Simona, r-kuge lub inne losowe repo będą wymagały pomocy ręcznej.

Ten problem był szeroko dyskutowany w różnych miejscach od czasu wydania wersji 3.0.0.

Źródło

2013-05-12 02:18:47

Dzięki Dirk, to naprawiło. Będziesz zadowolony, że zostało to omówione również na StackOverflow - to przyniesie Ci mnóstwo powtórzeń ;-) –

Tylko dla wyjaśnienia; czy jesteśmy teraz w sytuacji, w której pakiety apt Debian/Ubuntu r-cran są w tyle i zepsują wszystko jak texlive? Nie wydaje mi się, żeby któreś z tych rozwiązań działało, więc usuwam wszystko i zaczynam od 'r-base'. –

@TrevorAlexander: To pytanie, na które nie można odpowiedzieć. Jaki distro? Jaka wersja? Jaki jest twój problem? Zapytaj coś namacalnego i odtwarzalnego na liście r-sig-debian (które serwery także dla Ubuntu) zamiast przejąć 18-miesięczne pytanie tutaj. –

Odpowiedź Dirka dotarła do mnie w dużej mierze, pozostawiając tylko xtsExtra, który został zainstalowany z R-Forge. Polecam przeciwkoupdate.packages(ask=FALSE, checkBuilt=TRUE, repos="http://R-Forge.R-project.org"), ponieważ wygląda na to, że aktualizuje niektóre pakiety CRAN z ich wersją R-Forge; może to oznaczać, że instaluje więcej wersji eksperymentalnych (?).

Tak, zrobiłem to zamiast:

remove.packages('xtsExtra') 
install.packages("xtsExtra", repos="http://R-Forge.R-project.org")

Źródło

2013-05-12 06:20:51

Widziałeś [ten wpis] (http://stackoverflow.com/questions/3971815/automagically-update-packages-installed-from-r-forge)? – GSee

Dzięki @Gsee. To było interesujące, zwłaszcza po to, aby pokazać, że nie ma prostszego sposobu. Cóż, tak naprawdę jest prostszy sposób: zobacz moją odpowiedź ;-) –

Nie podążam. Sugerujesz usunięcie wszystkich pakietów, które chcesz zaktualizować z R-Forge, a następnie ponowne zainstalowanie? – GSee

Aktualizacja do wersji 3.0.0 pozostawiła mnóstwo niekompatybilnych pakietów 2.x

Odpowiedz

Powiązane problemy