generowanie wykresu społeczności w igraph

Question

Szukałem odpowiedzi na to pytanie, ale nie mogłem znaleźć żadnej wzmianki, więc zdecydowałem się opublikować tutaj. Próbuję sprawdzić, czy igraph lub jakiekolwiek pakiety zapewniają prosty sposób tworzenia "wykresu społeczności", w którym każdy węzeł reprezentuje społeczność w sieci, a więzi reprezentują więzi między społecznościami. Mogę sprawić, by algorytm wykrywania społeczności działał poprawnie w trybie igraph, ale nie mogłem znaleźć sposobu na zwinięcie wyników, aby pokazać połączenia między społecznościami. Każda pomoc będzie doceniona.

Answer 1

Możesz po prostu użyć funkcji contract.vertices(). Sparowuje to grupy wierzchołków w jeden wierzchołek, w zasadzie w ten sam sposób, w jaki chcesz. Na przykład.

library(igraph) 

## create example graph 
g1 <- graph.full(5) 
V(g1)$name <- 1:5  
g2 <- graph.full(5) 
V(g2)$name <- 6:10 
g3 <- graph.ring(5) 
V(g3)$name <- 11:15 
g <- g1 %du% g2 %du% g3 + edge('1', '6') + edge('1', '11') 

## Community structure 
fc <- fastgreedy.community(g) 

## Create community graph, edge weights are the number of edges 
cg <- contract.vertices(g, membership(fc)) 
E(cg)$weight <- 1 
cg2 <- simplify(cg, remove.loops=FALSE) 

## Plot the community graph 
plot(cg2, edge.label=E(cg2)$weight, margin=.5, layout=layout.circle)