Indeks dolny poza podpunktem - definicja ogólna i rozwiązanie?

Question

Podczas pracy z R często pojawia się komunikat o błędzie "indeks dolny". For example:

# Load necessary libraries and data 
library(igraph) 
library(NetData) 
data(kracknets, package = "NetData") 

# Reduce dataset to nonzero edges 
krack_full_nonzero_edges <- subset(krack_full_data_frame, (advice_tie > 0 | friendship_tie > 0 | reports_to_tie > 0)) 

# convert to graph data farme 
krack_full <- graph.data.frame(krack_full_nonzero_edges) 

# Set vertex attributes 
for (i in V(krack_full)) { 
    for (j in names(attributes)) { 
     krack_full <- set.vertex.attribute(krack_full, j, index=i, attributes[i+1,j]) 
    } 
} 

# Calculate reachability for each vertix 
reachability <- function(g, m) { 
    reach_mat = matrix(nrow = vcount(g), 
         ncol = vcount(g)) 
    for (i in 1:vcount(g)) { 
     reach_mat[i,] = 0 
     this_node_reach <- subcomponent(g, (i - 1), mode = m) 

     for (j in 1:(length(this_node_reach))) { 
      alter = this_node_reach[j] + 1 
      reach_mat[i, alter] = 1 
     } 
    } 
    return(reach_mat) 
} 

reach_full_in <- reachability(krack_full, 'in') 
reach_full_in 

To generuje następujący błąd Error in reach_mat[i, alter] = 1 : subscript out of bounds.

Jednak moje pytanie nie jest o tym szczególnym kawałek kodu (choć byłoby pomocne rozwiązania, które też), ale moje pytanie jest bardziej ogólne:

• Jaka jest definicja subscript- błąd out-of-bounds? Co to powoduje?
• Czy istnieją ogólne sposoby podejścia do tego rodzaju błędów?

Answer 1

Dzieje się tak, ponieważ próbujesz uzyskać dostęp do tablicy poza jego granicę. Pokażę ci, jak możesz debugować takie błędy.

1. ustawić options(error=recover)

2. biegnę reach_full_in <- reachability(krack_full, 'in') uzyskać:

   reach_full_in <- reachability(krack_full, 'in') 
   Error in reach_mat[i, alter] = 1 : subscript out of bounds 
   Enter a frame number, or 0 to exit 
   1: reachability(krack_full, "in") 
   

3. wejdę 1 i dostaję

   Called from: top level 
   

4. wpisuję ls() aby zobaczyć moje bieżące zmienne

   1] "*tmp*"   "alter"   "g"    
       "i"    "j"      "m"    
       "reach_mat"  "this_node_reach" 
   

Teraz widzę moich wymiarów zmiennych:

Browse[1]> i 
[1] 1 
Browse[1]> j 
[1] 21 
Browse[1]> alter 
[1] 22 
Browse[1]> dim(reach_mat) 
[1] 21 21 

Widać, że alter jest poza granicami. 22> 21. w linii:

reach_mat[i, alter] = 1 

Aby uniknąć takich błędów, osobiście mogę to zrobić:

• spróbuje użyć applyxx funkcję. Są bezpieczniejsze niż dla
• Używam seq_along i nie 1: n (1: 0)
• Spróbuj pomyśleć w wektorze, jeśli możesz uniknąć dostępu do indeksu [i, j].

EDIT vectorize rozwiązanie

Na przykład tutaj widzę, że you'dont wykorzystują fakt, że set.vertex.attribute jest wektorowy. można wymienić:

# Set vertex attributes 
for (i in V(krack_full)) { 
    for (j in names(attributes)) { 
     krack_full <- set.vertex.attribute(krack_full, j, index=i, attributes[i+1,j]) 
    } 
} 

przez to:

## set.vertex.attribute is vectorized! 
## no need to loop over vertex! 
for (attr in names(attributes)) 
     krack_full <<- set.vertex.attribute (krack_full, 
              attr, value=attributes[,attr]) 

Answer 2

To po prostu oznacza, że ​​albo alter > ncol(reach_mat) lub i > nrow(reach_mat), innymi słowy, indeksy przekroczyć granicę array (i jest większa niż liczba wierszy, lub zmieniać jest większa niż liczba kolumn).

Wystarczy uruchomić powyższe testy, aby zobaczyć, co i kiedy się dzieje.

Answer 3

czasami spotkać ten sam problem. Mogę odpowiedzieć tylko na twoją drugą kulę, ponieważ nie jestem tak specjalistą w R jak ja w innych językach. Odkryłem, że standardowa pętla for ma pewne nieoczekiwane wyniki. Powiedzieć x = 0

for (i in 1:x) { 
    print(i) 
} 

Wyjście jest

[1] 1 
[1] 0 

Podczas gdy z pytona, na przykład

for i in range(x): 
    print i 

nic nie robi. Pętla nie została wprowadzona.

Spodziewałem się, że jeśli x = 0 to w R, pętla nie zostanie wprowadzona. Jednak 1:0 jest prawidłowym zakresem liczb. Jeszcze nie znalazłem dobrą obejście oprócz posiadania if oświadczenie owijając for pętlę

Answer 4

ta pochodziła z SNA Standford za darmo poradnik i stwierdza, że ​​...

# Reachability can only be computed on one vertex at a time. To # get graph-wide statistics, change the value of "vertex" # manually or write a for loop. (Remember that, unlike R objects, # igraph objects are numbered from 0.)

ok, więc jeśli kiedykolwiek użyjesz igraph, pierwsza rolka/kolumna ma 0 inne niż 1, ale macierz zaczyna się od 1, a zatem dla dowolnego obliczenia pod symbolem, potrzebujesz x-1, pokazanego na

this_node_reach <- subcomponent(g, (i - 1), mode = m)

ale za alter obliczeń, jest literówka tutaj

alter = this_node_reach[j] + 1

usunąć +1 i będzie działać alright

Answer 5

tylko dodatkiem do powyższych odpowiedzi: a w takich przypadkach istnieje możliwość wywoływania obiektu, który z jakiegoś powodu nie jest dostępny dla zapytania. Na przykład możesz podzbiorować według nazw rzędów lub nazw kolumn, a otrzymasz ten komunikat o błędzie, gdy żądany wiersz lub kolumna nie będzie już częścią matrycy danych lub ramki danych. Rozwiązanie: Jako krótką wersję powyższych odpowiedzi: musisz znaleźć ostatnią roboczą nazwę wiersza lub nazwę kolumny, a następny wywoływany obiekt powinien być tym, który nie może zostać znaleziony. Jeśli uruchamiasz kody równoległe, takie jak "foreach", musisz przekonwertować swój kod na pętlę for, aby móc go rozwiązać.