2 miliony baz danych? Zakładam, że miałeś na myśli "rzędy".
W każdym razie, w odniesieniu do ograniczeń: jedną z najważniejszych rzeczy, o których należy pamiętać, jest to, że NDB/MySQL Cluster nie jest bazą danych ogólnego przeznaczenia. Przede wszystkim operacje łączenia, ale także podkwerendy i zakresy operacji (zapytania takie jak: zamówienia utworzone między teraz a tydzień temu), mogą być znacznie wolniejsze niż można się spodziewać. Jest to częściowo spowodowane faktem, że dane są dystrybuowane w wielu węzłach. Chociaż dokonano pewnych ulepszeń, wydajność łączenia wciąż może być bardzo rozczarowująca.
Z drugiej strony, jeśli musisz radzić sobie z wieloma (najlepiej małymi) równoległymi transakcjami (zazwyczaj pojedyncze aktualizacje/wstawienia/usuwać wyszukiwania według klucza podstawowego), a ty zarządzasz przechowywaniem wszystkich danych w pamięci, to może być bardzo skalowalnym i wydajnym rozwiązaniem.
Powinieneś zadać sobie pytanie, dlaczego chcesz klastra. Jeśli po prostu chcesz mieć swoją zwykłą bazę danych, którą masz teraz, z wyjątkiem sytuacji, gdy masz dostępną 99,999% dostępności, możesz być rozczarowany. Z pewnością klaster MySQL może zapewnić Ci dużą dostępność i czas pracy, ale obciążenie aplikacji może nie być zbyt dobrze dostosowane do tego, do kogo klaster jest dobry. Ponadto możesz skorzystać z innego rozwiązania wysokiej dostępności, aby wydłużyć czas pracy tradycyjnej bazy danych.
BTW - oto lista ograniczeń, jak na doc: http://dev.mysql.com/doc/refman/5.1/en/mysql-cluster-limitations.html
Ale cokolwiek zrobisz, wypróbować klaster, zobaczyć, czy jego dobre dla ciebie. Klaster MySQL nie jest "MySQL + 5 dziewiątek". Dowiesz się, kiedy spróbujesz.