7
Czy ktoś świadomy czystej realizacji Pythona wyrównania BLAST? Staram się uczyć tego algorytmu ...Implementacja Pythona algorytmu wyrównania BLAST?
A
Odpowiedz
-1
spróbuj poszukać w BioPython:
+2
Nie, biopython nie implementuje Blast, nazywa kanoniczny program wykonywalny nbbi BLAST, który musi być zainstalowany niezależnie – joaquin
3
W rzeczywistości pełna implementacja algorytmu BLAST jest dość trudne. Ma wiele kroków i optymalizacji. Co możesz zrobić, to: spójrz na Księgę BLAST od O'Reilly'ego, dla bardzo dobrego wyjaśnienia, spójrz na bazę kodu NCBI Blast, która jest duża i trudna do zrozumienia na pierwszym glace, lub sugerują, aby przyjrzeć się innej implementacji BLAST lub innym algorytmom takim jak BLAT i Genoogle (http://genoogle.pih.bio.br/)
Powiązane problemy
- 1. Implementacja algorytmu marszowego?
- 2. Implementacja algorytmu Bentleya-Ottmanna
- 3. Implementacja algorytmu sortowania Swift
- 4. C# implementacja algorytmu Bron-Kerboscha
- 5. Implementacja algorytmu IMU firmy Madgwick
- 6. Implementacja algorytmu A Star (A *) w Javie
- 7. Implementacja algorytmu oceny typu Damasa-Hindleya-Milnera
- 8. Implementacja algorytmu Dijkstry z niepoprawnymi wynikami
- 9. Implementacja niestandardowego algorytmu aglomeracyjnego od podstaw
- 10. Implementacja algorytmu MFCC w języku Python
- 11. Implementacja algorytmu optymalizacji roju cząstek w R
- 12. Implementacja kolejki zadań dla Pythona
- 13. Algorytm wyrównania znaków Java
- 14. Implementacja algorytmu De Boorsa do znajdowania punktów na B-splajnie
- 15. Implementacja algorytmu przerzedzania Zhang-Suen nie działa zgodnie z oczekiwaniami.
- 16. Decydowanie i implementacja algorytmu wyznaczania trendów w Django
- 17. Implementacja języka Python dla algorytmu Stop and Wait
- 18. Sposób wyrównania wartości do określonego wyrównania
- 19. Implementacja czystego Pythona w środowisku Greenlet API
- 20. Czy jest implementacja Hadley's ddply dla Pythona?
- 21. Tworzenie wrappera Pythona dla mojego algorytmu, który używa Opencv 2.3
- 22. Linie wyrównania kodu?
- 23. Lewy blok wyrównania równań
- 24. przycisk wyrównania w JavaFX
- 25. NPOI pionowe centrum wyrównania
- 26. Wykonanie implementacji algorytmu Dijkstry
- 27. Wyniki algorytmu Max Heapify
- 28. Implementacja wykrywania sceny wideo
- 29. Złożoność algorytmu
- 30. Złożoność algorytmu
Dla tych z nas, którzy nie są biologami komputerowymi: http: //en.wikipedia.org/wiki/BLAST –