Instalowanie wszystkich pakietów CRAN, które nie są jeszcze zainstalowane?

Question

Poniższe komendy R zainstaluje wszystkie pakiety Cran:

availablePackages <- available.packages()[,1] 
install.packages(availablePackages) 

i następujące polecenie wyświetli listę wszystkich zainstalowanych pakietów:

installedPackages <- .packages(all.available = TRUE) 

Moje pytanie brzmi: Jak mogę polecić R, aby zainstalować wszystkie Cran pakiety, które nie są jeszcze zainstalowane?

Answer 1

Szczerze mówiąc, myślę, że to żmudna praca ... to trwać kilka dni, a nawet tygodni (w zależności od zasobów), ale tutaj jest kod (ja po prostu lubię robić trywialne rzeczy):

# get names of installed packages 
packs <- installed.packages() 
exc <- names(packs[,'Package']) 

# get available package names 
av <- names(available.packages()[,1]) 

# create loooong string 
ins <- av[!av %in% exc] 
install.packages(ins) 

Nadal nie rozumiem, dlaczego to robisz, ale, hej ... niektóre rzeczy po prostu nie mają być ... Co mnie zastanawia najbardziej, to fakt, że już odpowiedziałeś na własne pytanie! Dostałeś to, czego potrzebujesz, i to zależy od ciebie, żeby wszystko połączyć ... Czy nie mamy racji? Czy masz coś innego na myśli?!?

Answer 2

1) Dlaczego chcesz to zrobić? Istnieje ponad 3500 (od lutego 2012) z nich?

2) Czy spojrzałeś na pakiet CRAN Task Views i ctv, który umożliwia instalację pakietów z danego zadania?

3) Ty pogrubienie-face pytanie jest proste zapytanie indeksowania można zrobić ręcznie (a poza tym także zobaczyć help(sets))

R> available <- LETTERS     # a simple set 
R> installed <- LETTERS[c(1:10, 15:26)] # a simple subset 
R> available[ ! available %in% installed ] 
[1] "K" "L" "M" "N" 
R> 

EDIT: w odpowiedzi na Kontynuacja:

a) Jeśli pakiet nie przejdzie testu "R CMD check" w systemach Linux i Windows, nie zostanie przesłany do CRAN. Więc ta praca jest skończona.

b) Od samego początku wszystko zależy od twojej pracy. Zrobiliśmy to dla cran2deb, który jest na http://debian.cran.r-project.org (który robi pełny pakiet pakietów Debiana, który jest czymś więcej niż tylko instalacją). Zbudowaliśmy około 2050 z 2150 pakietów. Jest kilka, których nie możemy budować z powodu licencji, kilka nie możemy z powodu brakujących nagłówków lub bibliotek, a kilka nie możemy zbudować, ponieważ potrzebują np. Pakiety BioConductor.

Answer 3

typ to polecenie, a następnie wszystkie pakiety zostaną zainstalowane automatycznie:

 >install.packages(available.packages()[,1]) 

Answer 4

Przetestowałem to i to działa

availablePackages=available.packages() 
availablePackages<-as.vector(availablePackages[,1]) 
installedPackages=.packages(all.available = TRUE) 
missedPackages<-setdiff(availablePackages, installedPackages) 
for (i in 1:length(missedPackages)) 
{ 
pkgName <- missedPackages[i] 
install.packages(pkgName) 
} 
print("END") 

Pozdrowienia