Błąd w pakiecie install.packages: nie można załadować procedur internetowych przy użyciu Statetu, gdy działa on w konsoli R

Question

Byłem szczęśliwym użytkownikiem StatET na Ubuntu 14.04 do niedawna, gdy po R uaktualnień zaczęły dziać się dziwne rzeczy. Wszystko, co związane z operacjami sieciowymi, kończy się niepowodzeniem. Na przykład, nie można instalować pakiety z CRAN więcej:

> install.packages("Hmisc") 
Installing package into ‘/usr/local/lib/R/site-library’ 
(as ‘lib’ is unspecified) 
--- Please select a CRAN mirror for use in this session --- 
Error in url("http://cran.r-project.org/CRAN_mirrors.csv") : 
    internet routines cannot be loaded 
In addition: Warning message: 
In url("http://cran.r-project.org/CRAN_mirrors.csv") : 
    unable to load shared object '/usr/lib/R/modules//internet.so': 
    /usr/lib/R/modules//internet.so: symbol curl_multi_wait, version CURL_OPENSSL_3 not defined in file libcurl.so.4 with link time reference 

Działa płynnie, jeśli biegnę R w terminalu:

> install.packages("Hmisc") 
Installing package into ‘/usr/local/lib/R/site-library’ 
(as ‘lib’ is unspecified) 
trying URL 'http://cran.at.r-project.org/src/contrib/Hmisc_3.16-0.tar.gz' 
Content type 'application/x-gzip' length 629536 bytes (614 KB) 
================================================== 
downloaded 614 KB 

OpenBLAS : Your OS does not support AVX instructions. OpenBLAS is using Nehalem kernels as a fallback, which may give poorer performance. 
* installing *source* package ‘Hmisc’ ... 
** package ‘Hmisc’ successfully unpacked and MD5 sums checked 
** libs 
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG  -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c Hmisc.c -o Hmisc.o 
gfortran -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -c cidxcn.f -o cidxcn.o 
gfortran -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -c cidxcp.f -o cidxcp.o 
gfortran -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -c hoeffd.f -o hoeffd.o 
gfortran -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -c jacklins.f -o jacklins.o 
gfortran -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -c largrec.f -o largrec.o 
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG  -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c mChoice.c -o mChoice.o 
gfortran -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -c maxempr.f -o maxempr.o 
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG  -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c nstr.c -o nstr.o 
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG  -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c ranksort.c -o ranksort.o 
gfortran -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -c rcorr.f -o rcorr.o 
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG  -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c string_box.c -o string_box.o 
gfortran -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -c wclosest.f -o wclosest.o 
gcc -std=gnu99 -shared -L/usr/lib/R/lib -Wl,-Bsymbolic-functions -Wl,-z,relro -o Hmisc.so Hmisc.o cidxcn.o cidxcp.o hoeffd.o jacklins.o largrec.o mChoice.o maxempr.o nstr.o ranksort.o rcorr.o string_box.o wclosest.o -lgfortran -lm -lquadmath -L/usr/lib/R/lib -lR 
installing to /usr/local/lib/R/site-library/Hmisc/libs 
** R 
** inst 
** preparing package for lazy loading 
** help 
*** installing help indices 
** building package indices 
** testing if installed package can be loaded 
OpenBLAS : Your OS does not support AVX instructions. OpenBLAS is using Nehalem kernels as a fallback, which may give poorer performance. 
* DONE (Hmisc) 

The downloaded source packages are in 
    ‘/tmp/RtmpVfRKYi/downloaded_packages’ 

> sessionInfo() 
R version 3.2.1 (2015-06-18) 
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit) 
Running under: Ubuntu 14.04.2 LTS 

locale: 
[1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8   LC_NUMERIC=C     
[3] LC_TIME=en_US.UTF-8   LC_COLLATE=en_US.UTF-8  
[5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8  LC_MESSAGES=en_US.UTF-8  
[7] LC_PAPER=en_US.UTF-8   LC_NAME=en_US.UTF-8   
[9] LC_ADDRESS=en_US.UTF-8  LC_TELEPHONE=en_US.UTF-8  
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=en_US.UTF-8 

attached base packages: 
[1] stats  graphics grDevices utils  datasets methods base  

other attached packages: 
[1] rj_2.0.4-2 

loaded via a namespace (and not attached): 
[1] tools_3.2.1 rj.gd_2.0.0-1 

Jaki byłby problem? Jak mogę ponownie wykonać tę pracę?

Edycja za zamówienie w sekcji komentarzy:

sessionInfo() R version 3.2.1 (2015-06-18) Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit) Running under: Ubuntu 14.04.2 LTS

locale: 
[1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8   LC_NUMERIC=C     
[3] LC_TIME=en_US.UTF-8   LC_COLLATE=en_US.UTF-8  
[5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8  LC_MESSAGES=en_US.UTF-8  
[7] LC_PAPER=en_US.UTF-8   LC_NAME=en_US.UTF-8   
[9] LC_ADDRESS=en_US.UTF-8  LC_TELEPHONE=en_US.UTF-8  
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=en_US.UTF-8 

attached base packages: 
[1] stats  graphics grDevices utils  datasets methods base  

other attached packages: 
[1] rj_2.0.4-2 

loaded via a namespace (and not attached): 
[1] tools_3.2.1 rj.gd_2.0.0-1 

> library(Hmisc) 
Loading required package: grid 
Loading required package: lattice 
Loading required package: survival 
Loading required package: Formula 
Loading required package: ggplot2 

Attaching package: ‘Hmisc’ 

The following objects are masked from ‘package:base’: 

    format.pval, round.POSIXt, trunc.POSIXt, units 

Answer 1

Na podstawie informacji podanych w pytaniu i komentarze wydaje się, że problemem jest to, że z jakiegoś powodu LD_LIBRARY_PATH jest niepoprawna podczas korzystania StatET. Nie wiem, dlaczego tak jest i może być lepsze rozwiązanie tego problemu, ale powinieneś być w stanie obejść to przynajmniej. Dodaj linię do .Rprofile lub Rprofile.site, która używa Sys.setenv(), aby ustawić swój LD_LIBRARY_PATH na coś sensownego. Na podstawie informacji podanych powyżej, które mogłyby wyglądać następująco:

Sys.setenv(LD_LIBRARY_PATH="/usr/lib/R/lib:/usr/lib/x86_64-linux-gnu:/usr/lib") 

Answer 2

Jeśli jest to rzeczywiście problem ze zmienną LD_LIBRARY_PATH następnie można ustawić go w Eclipse dla określonej konfiguracji R poprzez Run-> Uruchom Konfiguracje-> Karta Środowisko.

może być konieczne, aby sprawdzić ustawienia dla danego środowiska R.