2015-06-12 15 views
16

Próbuję zainstalować pakiet R devtools 3.0.2 na Ubuntu 14.04, co następuje:install.packages ("DevTools") na R 3.0.2 w Ubuntu 14.04 nie

install.packages("devtools") 

uzyskać następujące wyniki :

Installing package into ‘/home/jim/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0’ 
(as ‘lib’ is unspecified) 
--- Please select a CRAN mirror for use in this session --- 
Warning: dependency ‘xml2’ is not available 
also installing the dependency ‘rversions’ 

trying URL 'http://cran.rstudio.com/src/contrib/rversions_1.0.1.tar.gz' 
Content type 'application/x-gzip' length 4624 bytes 
opened URL 
================================================== 
downloaded 4624 bytes 

trying URL 'http://cran.rstudio.com/src/contrib/devtools_1.8.0.tar.gz' 
Content type 'application/x-gzip' length 141487 bytes (138 Kb) 
opened URL 
================================================== 
downloaded 138 Kb 

ERROR: dependency ‘xml2’ is not available for package ‘rversions’ 
* removing ‘/home/jim/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0/rversions’ 
ERROR: dependency ‘rversions’ is not available for package ‘devtools’ 
* removing ‘/home/jim/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0/devtools’ 

The downloaded source packages are in 
    ‘/tmp/RtmpmDzsRJ/downloaded_packages’ 
Warning messages: 
1: In install.packages("devtools") : 
    installation of package ‘rversions’ had non-zero exit status 
2: In install.packages("devtools") : 
    installation of package ‘devtools’ had non-zero exit status 

wydaje się, że jest to zależność od pakietu nazwanego xml2. Czy ktoś wie, gdzie mogę znaleźć ten pakiet i jak mogę go zainstalować.

już zainstalowane następujące:

sudo apt-get install libxml2-dev 
sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev 
sudo apt-get install libcurl4-gnutls-dev 
sudo apt-get install curl 
+1

Zainstaluj R 3.2.0 z [tego repozytorium Ubuntu na każdym lustrze CRAN] (http://cran.rstudio.com/bin/linux/ubuntu); wszystko wpadnie na swoje miejsce. –

+0

sudo apt-get update ... a następnie sudo apt-get install r bazy ... następujące NOWE pakiety zostaną zainstalowane: R-base 0 aktualizowanych, 1 nowo instalowanych, 0 do usunięcia i 3 niewymienione. Potrzebujesz uzyskać 0 B/9 568 B archiwów. Po tej operacji zostanie użyte 73,7 kB dodatkowego miejsca na dysku. Wybór poprzednio niezaznaczonego pakietu r-base. (Czytanie bazy danych ... aktualnie zainstalowane pliki i pliki 201581). Przygotowanie do rozpakowania .../r-base_3.0.2-1ubuntu1_all.deb ... Rozpakowywanie r-base (3.0.2-1ubuntu1) ... Konfiguracja r-base (3.0.2-1ubuntu1) ... jim @ Ubuntu14: ~ $ 3.0.2 jest nadal instalowany –

+0

Czy dodałeś wpis do /etc/apt/sources.list zgodnie z sugestią link opublikowany przez @DirkEddelbuettel? –

Odpowiedz

24

Jeśli R jest zainstalowany w Ubuntu korzystając z centrum oprogramowania, stabilną wersję w czasie kompilacji Ubuntu jest zbudowany jest włączone. W związku z tym zainstalowany jest R 3.0.2.

Dodanie następującego /etc/apt/sources.list:

deb http://cran.rstudio.com/bin/linux/ubuntu trusty/ 

doprowadziły do ​​obecnej wersji (R 3.2.0) jest załadowana.

musiałem zainstalować następujące biblioteki OpenSSL

sudo apt-get install libssl-dev 

a potem udało mi się uruchomić R i pomyślnie zainstalować 'DevTools'

Wiele dzięki Dirk i Pascal o radę.

+1

Dzięki za rozwiązanie! to działało dla mnie. edytuj lokalizację pliku sources.list do/etc/apt/sources.lista :) –

+0

dziękuję za edycję, za którą tęskniłem :) –

+0

Oto dostępne mirrory Ubuntu: https://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/ a tutaj lista serwerów: https: // cran.r-project.org/mirrors.html. W moim przypadku linia ta sprawiła, że ​​ta gra była łatwa: deb http://ftp.cixug.es/CRAN/bin/linux/ubuntu vivid/ – camposer

7

Innym rozwiązaniem (w wersji 3.2.2 R) jest instalowany lxml:

$ apt-get install libxml2-dev libxslt-dev

która skutecznie usuwa błąd R:

Error: configuration failed for package ‘xml2’

pojawiający się gdy R działa

install.packages("devtools")

+0

Zależność 'libxml2-dev' rozwiązuje również potencjalne problemy z instalacją z' roxygen2' na opartym na Debianie Linuxes. –

Powiązane problemy