porównanie numpy tablice zawierające NaN

Question

Dla mojego unittest, chcę sprawdzić, czy dwie tablice są identyczne. Zredukowany przykład:

a=np.array([1, 2, np.NaN]) 
b=np.array([1, 2, np.NaN]) 
if np.all(a==b): 
    print 'arrays are equal' 

To nie działa, ponieważ nan! = Nan. Jaki jest najlepszy sposób postępowania?

Z góry dziękuję.

Answer 1

Alternatywnie można użyć numpy.testing.assert_equal lub numpy.testing.assert_array_equal z try/except:

In : import numpy as np 

In : def nan_equal(a,b): 
...:  try: 
...:   np.testing.assert_equal(a,b) 
...:  except AssertionError: 
...:   return False 
...:  return True 

In : a=np.array([1, 2, np.NaN]) 

In : b=np.array([1, 2, np.NaN]) 

In : nan_equal(a,b) 
Out: True 

In : a=np.array([1, 2, np.NaN]) 

In : b=np.array([3, 2, np.NaN]) 

In : nan_equal(a,b) 
Out: False 

Edit

Ponieważ używasz tego dla unittesting, gołe assert (zamiast owijania go, aby uzyskać True/False) może być bardziej naturalne.

Answer 2

Można użyć NumPy zamaskowanych tablice, maska ​​wartości NaN a następnie użyć numpy.ma.all lub numpy.ma.allclose:

http://docs.scipy.org/doc/numpy/reference/generated/numpy.ma.all.html

http://docs.scipy.org/doc/numpy/reference/generated/numpy.ma.allclose.html

Na przykład:

a=np.array([1, 2, np.NaN]) 
b=np.array([1, 2, np.NaN]) 
np.ma.all(np.ma.masked_invalid(a) == np.ma.masked_invalid(b)) #True 

Answer 3

nie jestem na pewno jest to najlepsze sposób postępowania, ale jest sposób:

>>> ((a == b) | (numpy.isnan(a) & numpy.isnan(b))).all() 
True 

Answer 4

Kiedy stosować powyższą odpowiedź:

((a == b) | (numpy.isnan(a) & numpy.isnan(b))).all() 

To dało mi jakieś erros podczas oceny listę ciągów.

Ten typ jest bardziej ogólna:

def EQUAL(a,b): 
    return ((a == b) | ((a != a) & (b != b))) 

Answer 5

Najłatwiej jest skorzystać numpy.allclose() metody, które pozwalają na określenie zachowania, gdy o wartości NAN. Twój przykład będzie wyglądał następująco:

a = np.array([1, 2, np.nan]) 
b = np.array([1, 2, np.nan]) 

if np.allclose(a, b, equal_nan=True): 
    print 'arrays are equal' 

Następnie zostanie wydrukowane arrays are equal.

można znaleźć here odpowiedniej dokumentacji