Jak uruchamiać aplikacje kompatybilne z MPI z notebooków Jupyter?

Question

Więc mam trobule z gmsh.

bezpośrednie wykonanie działa dobrze:

!gmsh -3 -algo meshadapt tmp_0.geo -o SFM.msh 

Chociaż wykonanie z kodu nie powiedzie:

try: 
    out = subprocess.check_output(
      ["gmsh", "gmsh -3 -algo meshadapt tmp_0.geo -o SFM.msh"], 
      stderr=subprocess.STDOUT 
      ).strip().decode('utf8') 
except subprocess.CalledProcessError as e: 
    out = e.output 
print(out) 

z:

b "----------- -------------------------------------------------- ------------- \ n [[23419,1], 0]: Wysoce wydajny moduł przesyłania komunikatów typu "point-to-point" Open MPI \ nwas unabl e, aby znaleźć odpowiednie interfejsy sieciowe: \ n \ nModule: OpenFabrics (openib) \ n Host: 931136e3f6fe \ n \ nInny transport zostanie użyty zamiast tego, chociaż może to spowodować \ nlower wydajność. \ n ---- -------------------------------------------------- -------------------- \ n \ x1b [1m \ x1b [31mFatal: Nie można otworzyć wyświetlacza: (błąd wewnętrzny FLTK ) \ x1b [0m \ n- -------------------------------------------------- ----------------------- \ nMPI_ABORT został wywołany na pozycji 0 w komunikatorze MPI_COMM_WORLD \ nz kodem błędu 1. \ n \ nUWAGA: wywołanie MPI_ABORT powoduje otwarcie MPI na zabij wszystkie procesy MPI. \ nMożesz zobaczyć dane wyjściowe z innych procesów lub nie, w zależności od \ nw rzeczywistej sytuacji, gdy Otwórz MPI zabije ich . \ n ------------------- -------------------------------------------------- ----- \ n "

Jak więc emulować wykonanie ! w jupyter z kodu Python 3?

---

@Hristo:

_ =/opt/Conda/bin/jupyter SHLVL = 1 PATH =/opt/Conda/bin:/opt/Conda/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin HOSTNAME = 931136e3f6fe HOME =/root LC_ALL = C.UTF-8 PWD =/JPY_PARENT_PID = 1 LANG = C. UTF-8 TERM = xterm-color CLICOLOR = 1 PAGER = cat GIT_PAGER = cat MPLBACKEND = moduł: //ipykernel.pylab.backend_inline env DISPLAY =: 0 gmsh -3 -algo meshadapt tmp_0.geo -o SFM.msh

@Gilles: Ten sam wynik.

Answer 1

Wydaje się, że przyczyną źródłową jest zmienna środowiskowa $DISPLAY, która nie jest ustawiona.

najpierw upewnij się, że $DISPLAY jest ustawiony po uruchomieniu notebooka Jupyter. może być konieczne wybranie polecenia mpirun w celu wyeksportowania go do wszystkich zadań MPI.

począwszy od Open MPI 3.0.0, można to osiągnąć z export OMPI_MCA_mca_base_env_list=DISPLAY przed rozpoczęciem notebook Jupyter

Nawiasem mówiąc, powinien aplikacji należy otworzyć wyświetlacz X? Jeśli nie ma żadnej grafiki, może być dostosowany do poprawnego działania, gdy żaden wyświetlacz nie jest dostępny.

[DODATEK]

Inną możliwością jest to, że gmsh myśli wyświetlacz jest dostępny od DISPLAY jest ustawiona, więc próbuje go otworzyć i się nie powiedzie. Można spróbować rozbroić tę zmienną, i zobaczyć, jak sprawy potoczą, zarówno z linii poleceń (np interaktywny tryb) i za pośrednictwem komputera (np partia tryb)