Zarządzam Zależnymi, sugerowanymi i importowanymi plikami opisu. i ostatecznie przesyłam mój pakiet do CRAN. Ale podczas instalacji pakietu instaluje tylko pakiety, które są zdeponowane pod CRAN, a nie dla pakietów bioconductor. oprócz tego ma błąd zależności pakietów dla Mac OS: check log for Mac OSPakiet CRAN zależy od pakietu Bioconductor Błąd instalacji
jaki problem? i jak mogę to naprawić?
poważaniem,
Nie ma mechanizm, poprzez który można zainstalować install.packages() z BioConductor domyślnie w R (
przynajmniej domyślnie, nie sprawdził, czy BioC posiada infrastrukturę repo na to pozwolić, jeśli nazywa poprawnie
). [Zobacz komentarz Martin Morgan (poniżej), w którym instrukcje można znaleźć w jaki sposób skonfigurować R tak, że install.packages() można zainstalować z repozytoriów BioConductor.]
Aby zainstalować jeden pakiet BioConductor normalnie robi:
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("limma")
, która musi być wykonana niezależnie od install.packages().
Błąd podczas sprawdzania systemu Mac OS X jest potencjalnie błędem konfiguracji na tym serwerze. Jak mówi @DWin, powinieneś to zrobić za pomocą CRAN, aby dostać się do źródła tego konkretnego problemu. Zgodnie z moją najlepszą wiedzą CRAN powinien mieć zainstalowane wszystkie pakiety Bioconductor.
Zobacz '? SetRepositories', aby wybrać repozytoria Bioconductor za pomocą standardowych metod (a następnie działa' install.packages') lub 'install.packages (..., repos = biocinstallRepos()) 'po' source' linii powyżej, aby zainstalować pakiet Bioconductor, lub 'biocLite (" foo ")', aby zainstalować 'foo' z CRAN (właściwie' getOption ("repos") ') lub Bioconductor. –
Można by pomyśleć, że CRAN będzie w stanie pobrać i zainstalować te pakiety automatycznie. Z punktu widzenia użytkownika (zwłaszcza tych, które nie są do końca znane z R), instalowanie pakietów z bioprzewodnikami oddzielnie jest pośrednie i mylące. Dlaczego nie ma na to rozwiązania? – by0
W R 3.0.2, następujące prace:
setRepositories(ind=1:2)
W chwili pisania tego tekstu, wartość ind może wektorem o wartościach od 1 do 8, a następujące znaczenie:
1: CRAN
2: BioC software
3: BioC annotation
4: BioC experiment
5: BioC extra
6: Omegahat
7: R-Forge
8: rforge.net
Listę tę można uzyskać, dzwoniąc pod numer setRepositories(graphics=F), co umożliwia również interaktywne wybieranie repozytoriów, z których mają zostać zainstalowane.
Nie jest to udokumentowane wszędzie, ale sztuką jest, aby dodać wiersz, który mówi biocViews: w pliku DESCRIPTION (tak, to kończy się dwukropkiem, a następnie bez potrzeby wymieniania czegokolwiek, można zachować puste). Następnie R będzie wiedział, aby sprawdzić repozytoria bioprzewodników pod kątem wymagań dotyczących pakietów.
Wydaje się, że jest to bardziej odpowiednie pytanie na Rd (lista dyskusyjna r-devel). –
Z całym szacunkiem nie zgadzam się z @DWinem; jeśli wystąpi błąd, to jest na CRAN i takie dyskusje nie należą do niego i są ignorowane. CRAN ma swój własny adres e-mail. –
@GavinSimpson Pierwszą zasadą CRAN-club jest to, że nie wolno mówić o klubie CRAN. – hadley