Łączenie podziały wiersza w pliku FASTA warunku w SED/AWK/Perl jedną wkładką

Question

Mam dane, który wygląda tak

> sq1 
foofoofoobar 
foofoofoo 
> sq2 
quxquxquxbar 
quxquxquxbar 
quxx 
> sq3 
paxpaxpax 
pax 

Co chcę zrobić, to połączyć je w jednej linii:

> sq1 foofoofoobarfoofoofoo 
> sq2 quxquxquxbarquxquxquxbarquxx 
> sq3 paxpaxpaxpax 

Próbowałem tego kodu, ale się nie udało.

sed -e 'te' -e 'H;$!d;:e' -e 'x;/^$/d;s/\n//g' 

Co to jest właściwy sposób?

Answer 1

$ awk '/^>/&&NR>1{print "";}{ printf "%s",/^>/ ? $0" ":$0 }' file 
> sq1 foofoofoobarfoofoofoo 
> sq2 quxquxquxbarquxquxquxbarquxx 
> sq3 paxpaxpaxpax 

Answer 2

Jest to jeden ze sposobów, aby to, co chcesz za pomocą sed:

sed -n '1{x;d;x};${H;x;s/\n/ /1;s/\n//g;p;b};/^>/{x;s/\n/ /1;s/\n//g;p;b};H' 

Answer 3

perl -ne '!/^>/ ? chomp($p) : (chomp $_, $_.=" "); print $p; $p = $_; END{print $p} 

... co, oczywiście, można zapisać wiele krótszy w razie potrzeby.

Answer 4

To może pracować dla Ciebie:

sed ':a;$!{N;ba};s/\n//g;s/> sq[0-9]*/\n& /g;s/.//' file 

lub to:

sed ':a;$!N;s/\n\([^>]\)/\a\1/;ta;s/\a/ /;s///g;P;D' file 

lub to:

awk -vRS='> sq' '{sub(/^/,RS);sub(/\n/," ");gsub(/\n/,"")};NR>1' file 

Answer 5

Najkrótsza sed rozwiązanie jakie udało mi się znaleźć:

sed -n '/^>/!{H;$!b};s/$/ /;x;1b;s/\n//g;p'