Przeszedłem dokumentację IntelliJ IDEA tutaj http://www.jetbrains.com/idea/help/project.html i opisano strukturę projektu formatu opartego na katalogach i projektu formatu opartego na plikach, dlaczego miałbym preferować jeden nad drugim?Jaka jest różnica między projektem w formacie katalogowym a projektem opartym na plikach? W intellij
Format oparty na plikach był jedynym dostępnym w starszych wersjach IntelliJ IDEA. Format oparty na katalogach został wprowadzony później, a jego główną zaletą jest to, że łatwiej jest przechowywać pliki projektu w systemie kontroli wersji, ponieważ dane projektu są dzielone na wiele plików, a konflikty scalania są mniej prawdopodobne.
Wadą jest stosunkowo mało: nie można otworzyć projektu opartego na katalogach, klikając dwukrotnie go w menedżerze plików w systemie operacyjnym.