W jaki sposób skrypt może znaleźć się w R z poziomu wiersza poleceń?

Question

Mam skrypt (nazywają to Main.R), który ma następujący kod, aby znaleźć się po uruchomieniu go:

frame_files <- lapply(sys.frames(), function(x) x$ofile) 
frame_files <- Filter(Negate(is.null), frame_files) 
main.dir <- dirname(dirname(frame_files[[length(frame_files)]])) 

ta jest stosowana w celu uzyskania katalogu powyżej własnego katalogu, main.dir, który jest używany, aby zadzwonić inne skrypty dotyczące tej ścieżki.

Jestem zainteresowany uruchomieniem tego skryptu z linii poleceń, na przykład

R CMD BATCH Main.R 

lub

Rscript Main.R 

Niestety, powyższe polecenia nie działają gdy zgłoszę skrypt z poleceniem linia.

Czy istnieje kod mógłbym umieścić w Main.R lub opcja kupna do R lub Rscript że można używać zamiast tego?

Dokładniej, rozwiązanie musi działać w systemie Windows.

Answer 1

Poniżej znajduje się rozwiązanie, które daje poprawną ścieżkę pliku, gdy skrypt jest uruchamiany zarówno z source lub Rscript.

# this is wrapped in a tryCatch. The first expression works when source executes, the 
# second expression works when R CMD does it. 
full.fpath <- tryCatch(normalizePath(parent.frame(2)$ofile), # works when using source 
       error=function(e) # works when using R CMD 
        normalizePath(unlist(strsplit(commandArgs()[grep('^--file=', commandArgs())], '='))[2])) 
dirname(full.fpath) 

Kluczem do tego jest funkcja normalizePath. Biorąc pod uwagę względną lub skróconą nazwę ścieżki, normalizePath zwróci poprawną ścieżkę lub zgłosi błąd. Kiedy uruchamiasz skrypt z Rscript, jeśli podasz normalizePath podstawową nazwę pliku bieżącego skryptu, zwróci pełną ścieżkę, niezależnie od tego, jaki jest twój bieżący katalog. Dostaje nawet ścieżkę w prawo, gdy podasz względną ścieżkę do R CMD i istnieje skrypt o tej samej nazwie w bieżącym katalogu!

W powyższym kodzie wyodrębniam nazwę pliku z jednego z ciągów zwracanych przez commandArgs. Jeśli spojrzysz na wyjście commandArgs, zobaczysz, że nazwa pliku jest czwartym argumentem. Argument jest zapisywany jako "--file = yourscript.R", więc w ostatnim wierszu powyżej dzielę ciąg na "=" i wyciągnę nazwę pliku.

Answer 2

Na ideą jest zapewnienie ścieżki jako argumentu do Main.R

Przypuszczam, że nazywają go RScript.

Rscript Main.R 'path' 

w Main.R dodaniu kodu do odczytu argumentu

args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE) 
mainpath <- as.character(args[1])