przy użyciu programu rpy2 z notebookami IPython?

Question

Czy można używać rpy2 (wywołując ggplot2) z notebookami IPython, a następnie zapisywać je (i udostępniać w programie NBViewer, podobnie jak inne notebooki http://nbviewer.ipython.org/)? Czy istnieje jakiekolwiek wyzwanie związane z pojawieniem się gpplots rpy2 w notatniku i/lub interaktywnie? Byłoby pomocne, gdyby ktoś mógł podać przykładową sesję i jej wynik tworzenia postaci ggplot2 w notatniku za pomocą rpy2 w IPython.

Answer 1

Jest to możliwe z rozszerzeniem rmagic, które używa rpy2. Wygląda jednak na to, że potrzebujesz print() rysunku, żeby to pokazać. Oto przykładowa sesja: http://nbviewer.ipython.org/5029692

Jeśli wolisz używać rpy2 bezpośrednio, musi to być możliwe. Spójrz na rpy2 documentation for ggplot2. Aby go wprowadzić do notebooka, możesz narysować na urządzeniu PNG/SVG, a następnie odczytać je ze strony Pythona (tak robi rmagic).

Answer 2

To zostało napisane bez szukania kodu w rmagic. Mają bardziej sprytny sposób to zrobić (mam 11 linii kodu).

import uuid 
from rpy2.robjects.packages import importr 
from IPython.core.display import Image 

grdevices = importr('grDevices') 
def ggplot_notebook(gg, width = 800, height = 600): 
    fn = '{uuid}.png'.format(uuid = uuid.uuid4()) 
    grdevices.png(fn, width = width, height = height) 
    gg.plot() 
    grdevices.dev_off() 
    return Image(filename=fn) 

Aby spróbować go:

from rpy2.robjects.lib import ggplot2 
from rpy2.robjects import Formula 
datasets = importr('datasets') 
mtcars = datasets.__rdata__.fetch('mtcars')['mtcars'] 
p = ggplot2.ggplot(mtcars) + \ 
    ggplot2.aes_string(x='mpg', y='cyl') + \ 
    ggplot2.geom_point() + \ 
    ggplot2.geom_smooth() + \ 
    ggplot2.facet_wrap(Formula('~ am')) 

ggplot_notebook(p, height=300)