Konfigurowanie niestandardowej skali kolorów w R

Próbuję ustawić niestandardową skalę w R. Moje zakresy danych w wartościach od -5,4 do +3,6 i chcę wyśrodkować dane około 0 (białe). Chciałbym uzyskać dane w takiej skali, że mam taką samą liczbę gradacji powyżej i poniżej 0 (strzelam obecnie 7 razy). Problem, który mam, polega na tym, że nie mogę uzyskać poprawności skali i nie jestem pewien, gdzie jest mój problem.Konfigurowanie niestandardowej skali kolorów w R

Mój kod w tej chwili (dane źródło jest w Pastebin linku na dole):

png('127-2_4_compare_other.png',width = 1200, height = 800, units = "px") 
    colfunc <- colorRampPalette(c("blue", "white", "red")) 
    f <- function(m) t(m)[,nrow(m):1] 
    colorBarz=matrix(seq(-5.5,4,len=15),nrow=1) 
    colorBarx=1 
    source("127-2_4.CompareMatrix.txt") 
    colorBary=seq(-5.4,3.6,len=15) 
    cus_breaks=c(-5.400, -4.725, -4.050, -3.375, -2.700, -2.025, -1.350, -0.675, 0.45, 0.90, 1.35, 1.80, 2.25, 2.70, 3.15, 3.60) 
    layout(matrix(c(1,2), 1, 2, byrow = TRUE), widths=c(9,1)) 
    image(f(Compare2and4),axes=FALSE,ylab="Amino acids",xlab="Position",main="Sample 2 vs. 4",col=colfunc(15),breaks=cus_breaks) 
    axis(1, seq(from = 0, to = 1, by = 0.03703), labels=c(1:11,1:17)) 
    axis(2, seq(from = 0, to = 1, by = 0.0526),labels=rev(c("A","R","N","D","C","E","Q","G","H","I","L","K","M","F","P","S","T","W","Y","V")),las=2) 
    image(colorBarx,colorBary,colorBarz,col=colfunc(15),axes=FALSE,xlab="",ylab="log(Sample4/Sample2)",breaks=cus_breaks) 
    axis(2,las=2) 
    dev.off()

szukam siedmiu równo podzielonych pojemników powyżej 0 do 3,6 i siedem równo podzielonych pojemników poniżej 0 do -5,4 i chciałbym, żeby 0 trafiło w środek białego kosza. Także jeśli ktoś może przejrzeć kod samej mapy termicznej, aby upewnić się, że nie ma oczywistych błędów, byłbym bardzo wdzięczny. Pastebin of the source data

Źródło

2016-06-03 Adrian Reich

na pewno będzie to naprawić problem, ale w takim przypadku Mam tendencję do binowania danych (np. Z 'cut') zamiast palety kolorów. –

Jeśli rozumiem, że cięcie jest poprawne, to pomogłoby mi ustawić tak duże rozmiary beli powyżej 0 i poniżej 0. Myślę, że zrobiłem to samo z cus_breaks, chociaż nie mogłem na nie patrzeć poprawnie? –

Prawdopodobnie może to pomóc http://stackoverflow.com/questions/29301608/low-med-high-colors-for-deciles-in-ggplot – novice

Problem z proponowanej skali kolorów jest to, że percepcyjne odległość między każdym punktem na skali nie jest równa. Ta sama odległość koloru odnosi się do większego zakresu wartości danych na dodatnim końcu, w porównaniu do ujemnego końca. Sugerowałbym, aby nie wymyślać koła na nowo i nie używać wielkich możliwości ggplot.

Domyślnie rozbieżne skala kolor będzie miał białe jak środkowego na wartość 0.

Na przykład:

Compare2and4_t <- t(Compare2and4)[,nrow(Compare2and4):1] 
am_ac <- c("A","R","N","D","C","E","Q","G","H","I","L","K","M","F","P","S","T","W","Y","V") 
pdat <- data.frame(x = 1:nrow(Compare2and4_t), 
        y = factor(rep(am_ac, each = nrow(Compare2and4_t)), levels = rev(am_ac)), 
        val = c(Compare2and4_t)) 

library(ggplot2) 
library(scales) 

ggplot(pdat, aes(x, y, fill = val)) + 
    geom_tile() + 
    scale_fill_gradient2(low = 'darkblue', high = 'darkred', 
         limits = c(-5.4, 3.6), oob = squish) + 
    coord_equal(expand = FALSE) + 
    scale_x_continuous(breaks = unique(pdat$x)) + 
    theme_classic() + 
    labs(x = 'Position', y = 'Amino acids')

nie

Źródło

2016-09-13 08:49:54 Axeman

Konfigurowanie niestandardowej skali kolorów w R

Odpowiedz

Powiązane problemy