SunGridEngine, Condor, Torque jako menedżerowie zasobów dla PVM

Question

Ktoś ma pojęcie, który menedżer zasobów jest dobry dla PVM? A może nie powinienem używać PVM i zamiast tego polegać na MPI (lub dowolnej jego wersji, takiej jak MPICH-2 [czy są jakieś inne, które są lepsze?]). Głównym powodem używania PVM było to, że osoba przed mi, która rozpoczęła ten projekt, przyjęła użycie PVM. Jednak teraz, kiedy ten projekt jest mój (nie wykonał żadnej istotnej pracy, która opiera się na PVM), można to łatwo zmienić, najlepiej na coś, co jest łatwe do zainstalowania, ponieważ instalacja i konfiguracja PVM była dużym kłopotem.

Przechodzę w stronę SunGridEngine, widząc, jak mam dedykowany sprzęt, a po przeczytaniu innego postu, który jest lepszy dla dedykowanego sprzętu, wydaje się, że SGE jest zwycięzcą. Jednak nie jestem pewien jego wydajności przy użyciu PVM. Zastanawiasz się, czy ktoś miał jakieś doświadczenie z PVM i SGE?

Jeśli ludzie używają sond SG, czego można używać do komunikowania się z komputera na komputer (lub na maszynie wirtualnej maszynie wirtualnej)

No i zostanie uruchomione aplikacje Perl/wierszy, czy to się liczy.

Wszelkie sugestie i pomysły?

góry dzięki dla wszystkich komentarzy,

• Tyug

Answer 1

biegnę PVM na systemach Linux z wykorzystaniem moment obrotowy sond SG i LSF bez żadnych problemów. Czy pytasz "Czy można używać aplikacji SGE, Torque itp. Do uruchamiania aplikacji PVM?"?

Jeśli tak, zobacz poniżej przykładowe skrypty zadań w języku C-shell. Zauważ, że skrypty są prawie identyczne, z wyjątkiem nagłówka każdego skryptu, który jest zgodny z odpowiednim formatem dla każdego menedżera zasobów.

SGE skrypt zadanie:

#!/bin/csh 
#$ -N LTR-001 
#$ -o LTR-001.output 
#$ -e LTR-001.error 
#$ -pe comp 24 
#$ -l h_rt=04:00:00 
#$ -A cmit2 
#$ -cwd 
#$ -V 

# Setup envirnoment 
setenv LD_LIBRARY_PATH /lfs0/projects/cmit2/opt-intel/overture-noX/lib:${LD_LIBRARY_PATH} 
setenv PVM_ARCH LINUX 
setenv PVM_ROOT /lfs0/projects/cmit2/opt-intel/pvm3 
setenv PVM_BIN ${PVM_ROOT}/bin 
setenv PVM_RSH /usr/bin/ssh 
setenv MY_HOSTS pvm_hostfile 

rm -f ~/.pvmprofile 
env | grep PVM_ > ~/.pvmprofile 

# Create file containing _unique_ host names. Note that there are two possible sources of available hosts 
sort -k 1,1 -u ${MACHINE_FILE} >! ${MY_HOSTS} 

# Start PVM & add nodes 
printf "%s\n%s\n" conf quit|${PVM_ROOT}/lib/pvm ${MY_HOSTS} 
wait 
sleep 2 

# 
# Run apps requiring PVM. 
# 

wait 
# Exit PVM daemon 
echo "reset" | $PVM_ROOT/lib/pvm 
echo "halt" | $PVM_ROOT/lib/pvm 

Torque skrypt zadanie:

#!/bin/csh 
#PBS -N LTR-001 
#PBS -o LTR-001.output 
#PBS -e LTR-001.error 
#PBS -l nodes=3:ppn=8 
#PBS -l walltime=04:00:00 
#PBS -q compute 
#PBS -d . 

# Setup envirnoment 
setenv LD_LIBRARY_PATH /users/ps14/opt-intel/overture/lib:${LD_LIBRARY_PATH} 
setenv PVM_ARCH LINUX64 
setenv PVM_ROOT /users/ps14/opt-intel/pvm3 
setenv PVM_BIN ${PVM_ROOT}/bin 
setenv PVM_RSH ${PVM_ROOT}/ssh 
setenv MY_HOSTS pvm_hostfile 

rm -f ~/.pvmprofile 
env | grep PVM_ > ~/.pvmprofile 

# Create file containing _unique_ host names. Note that there are two possible sources of available hosts 
sort -k 1,1 -u ${PBS_NODEFILE} >! ${MY_HOSTS} 

# Start PVM & add nodes 
printf "%s\n%s\n" conf quit|${PVM_ROOT}/lib/pvm ${MY_HOSTS} 
wait 
sleep 2 

# 
# Run apps requiring PVM. 
# 

wait 
# Exit PVM daemon 
echo "reset" | $PVM_ROOT/lib/pvm 
echo "halt" | $PVM_ROOT/lib/pvm