2011-11-17 10 views
6

Dobrzy ludzie - Potrzebuję pomocy, aby znaleźć sposób na stworzenie interaktywnego kladogramu lub drzewa filogenetycznego (tak, przeczytałem wszystkie powiązane posty i nie znajduję tego, czego szukam). Chodzi o to, że potrzebuję, aby węzły mogły być nazwane. Przykładem może być coś takiego: Większość skryptów, które znajduję, to albo aplety, flash, albo po prostu nie pokazują klasyfikacji węzłów, tj. W tym przykładzie pomijałaby "feliformię". Jest to dla mnie bezużyteczne, ponieważ skończyłbym wtedy z carnivore - anonimowym węzłem - anonimowym węzłem - anonimowym węzłem - tygrysem, a to nie jest dobre.Cladogram, drzewo życia, kladystyka, taksonomia w JS lub płótnie?

To drzewo teoretycznie obejmie całe życie, więc może stać się dość duże i uzyskać linki i nazwy w języku angielskim i łacińskim z bazy danych.

A więc: bez lampy błyskowej, bez apletów. Musi być poziomy, bez supertrees (okrągły). Przeszedłem przez to , ale większość z nich wydaje się być stara, nie wyświetlająca poziomów podrzędnych, apletów lub zbyt skomplikowana.

Wyobrażam sobie, że byłoby to wspaniałe zadanie na płótnie/jQuery ..? I jest szansa, że ​​ktoś tam był przede mną?

Wszelkie wskazówki bardzo doceniane.

Uwaga: jeśli ktoś chciałby zrobić coś takiego jako projekt, chętnie pomogę, nawet jeśli nie przyniesie mi to korzyści w tym projekcie. Ten rodzaj taksonomii nie jest tak prosty, jak może wydaje się, i byłbym szczęśliwy widząc to.

Edytuj: minął rok; Nadal uważam, że jest to bardzo interesujące pytanie. Byłem poza światem technicznym, by rzucić zaklęcie; więc jeśli ktokolwiek znalazł coś, co wygląda obiecująco na projekt na dużą skalę ... Jestem uszy.

+2

Byłoby jeszcze bardziej zachwycający praca dla HTML5 na wbudowany SVG. –

+1

Zrobiłem trochę badań na ten temat i myślę, że gdyby ktoś rzeczywiście zrobił coś naprawdę solidnego w tym, byłoby wielkie zainteresowanie w wielu kręgach naukowych. – Benteh

+0

herby - tak.Żałuję, że nie mam teraz czasu, żeby się w to wkopać, ale niestety .. – Benteh

Odpowiedz

9

Sam badam to samo od prawie roku. Najlepszą biblioteką, jaką znalazłem do tej pory jest d3.js, następca protovis.js. Dobrą wiadomością jest to, że dendrogram d3.js i drzewo połączeń węzłów powinny być wystarczająco elastyczne dla wszystkich/wszystkich twoich potrzeb; ale zła wiadomość jest taka, że ​​prawdopodobnie będziesz musiał napisać własną logikę taksonomiczną i logikę interaktywności.

http://mbostock.github.com/d3/ex/cluster.html

http://mbostock.github.com/d3/ex/tree.html

Aby rozwiązać Herby, biblioteki d3.js nie w rzeczywistości, należy użyć inline SVG w HTML5.
Abigail

ps: Znalazłem samouczek dotyczący korzystania z interaktywnego dendrogramu i sposobu tworzenia logiki taksonomii. http://blog.pixelingene.com/2011/07/building-a-tree-diagram-in-d3-js/

+1

Abigail - jesteś gwiazdą. To może być najlepszy kierunek jeszcze! Dziękuje bardzo. Przeniosłem się z wyżej wymienionego projektu, ale faktycznie; Obecnie pracuję nad jeszcze bardziej złożonymi projektami, a to może być - jeśli nie bilet - przynajmniej miejsce na start! DUŻO docenione! – Benteh

+0

Dzięki! Cieszę się, że to pomaga. :) Stało się to moim praktycznym zestawem narzędzi do wykonywania złożonych wizualizacji związanych z bioinformatyką. Nie mogę tego wystarczająco polecić. – AbigailW

+0

Podejrzewam, że [to drzewo rodowiskowe d3.js] (http://bl.ocks.org/2966094) jest jeszcze bliższe temu, co po OP był. – seb

1

Czy spojrzałeś na Wakandę? Myślę, że model źródła danych mogą zapewnić strukturę, która nadaje ... http://www.wakanda.org/