8
Mam tę ramkę danych mydf
. Kolumna nucleotide
może mieć litery "A", "T", "G", "C". Chcę zmienić litery A na T, C na G, G na C i T na A, jeśli kolumna strand
to "-". Jak mam to zrobić?Jak przekonwertować wartości w dopasowaniu kolumny w R
mydf<- structure(list(seqnames = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L), .Label = c("chr1",
"chr2", "chr3", "chr4", "chr5", "chr6", "chr7", "chr8", "chr9",
"chr10", "chr11", "chr12", "chr13", "chr14", "chr15", "chr16",
"chr17", "chr18", "chr19", "chr20", "chr21", "chr22", "chrX",
"chrY", "chrM"), class = "factor"), pos = c(115258748, 115258748,
115258748, 115258748), strand = structure(c(1L, 2L, 1L, 2L), .Label = c("+",
"-", "*"), class = "factor"), nucleotide = structure(c(2L, 2L,
2L, 2L), .Label = c("A", "C", "G", "T", "N", "=", "-"), class = "factor")), .Names = c("seqnames",
"pos", "strand", "nucleotide"), row.names = c(NA, 4L), class = "data.frame")
wynik
seqnames pos strand nucleotide
1 chr1 115258748 + C
2 chr1 115258748 - G
3 chr1 115258748 + C
4 chr1 115258748 - G
'chartr' jest idealny dla tego scenariusza, ale tworząc tablicę przeglądową starych i nowych wartości jest prawdopodobnie najskuteczniejszą metodą inaczej - http://stackoverflow.com/questions/18456968/how-do-i -map-a-vector-of-value-to-in-vector-with-my-own-custom-map-in-r/18457055 # 18457055 Również 'with (mydf, ifelse (strand ==" - ", chartr ("ACGT", "TGCA", nukleotyd), nukleotyd)) "uniknie zastąpienia zmiennej. – thelatemail