puste tablice w cython: segfault podczas wywoływania PyArray_EMPTY

Question

Kiedy próbuję uruchomić poniższy kod cythonu, aby wygenerować pustą tablicę, ulega ona uszkodzeniu.

Czy istnieje sposób generowania pustych numpy tablice w python bez wywoływania np.empty()?

cdef np.npy_intp *dims = [3] 
cdef np.ndarray[np.int_t, ndim=1] result = np.PyArray_EMPTY(1, dims, 
                  np.NPY_INTP, 0) 

Answer 1

Możecie rozwiązali to bardzo dawno temu, ale z korzyścią dla każdego, kto natyka się na to pytanie, gdy próbuje dowiedzieć się, dlaczego ich naruszenia ochrony pamięci kodu Cython, oto możliwa odpowiedź.

Kiedy pojawi się błąd segmentu przy użyciu numpy C API, pierwszą rzeczą do sprawdzenia jest to, że wywołałeś funkcję import_array(). To może być problem tutaj.

Na przykład, oto foo.pyx:

cimport numpy as cnp 


cnp.import_array() # This must be called before using the numpy C API. 

def bar(): 
    cdef cnp.npy_intp *dims = [3] 
    cdef cnp.ndarray[cnp.int_t, ndim=1] result = \ 
     cnp.PyArray_EMPTY(1, dims, cnp.NPY_INTP, 0) 
    return result 

Oto prosty setup.py na budowę modułu rozszerzeń:

from distutils.core import setup 
from distutils.extension import Extension 
from Cython.Distutils import build_ext 
import numpy as np 


setup(cmdclass={'build_ext': build_ext}, 
     ext_modules=[Extension('foo', ['foo.pyx'])], 
     include_dirs=[np.get_include()]) 

oto moduł w akcji:

In [1]: import foo 

In [2]: foo.bar() 
Out[2]: array([4314271744, 4314271744, 4353385752]) 

In [3]: foo.bar() 
Out[3]: array([0, 0, 0])