Mam dokument .Rmd, który proces knitr dobrze.knitr: uruchom wszystkie fragmenty w dokumencie Rmarkdown
Chciałbym uruchomić wszystkie fragmenty w dokumencie, dzięki czemu mogę badać wyniki w mojej powłoce R.
W Rstudio istnieje opcja uruchomienia wszystkich fragmentów dokumentu, , ale nie mogę znaleźć sposobu na uzyskanie tego samego efektu w prostej sesji R (otwartej w moim terminalu).
Czy istnieje sposób, aby to zrobić?
Korzystanie Run all chunks odpowiada:
knitr::purl wyodrębnić wszystkie kawałki R do pliku tempsource() uruchomić plikTakich jak:
tempR <- tempfile(fileext = ".R")
library(knitr)
purl("SO-tag-package-dependencies.Rmd", output=tempR)
source(tempR)
unlink(tempR)
Ale będziesz chciał przekształcić to w funkcję. Jest to dość łatwe, z wyjątkiem trzeba użyć sys.source uruchomić skrypt R w globalnym środowisku:
runAllChunks <- function(rmd, envir=globalenv()){
tempR <- tempfile(tmpdir = ".", fileext = ".R")
on.exit(unlink(tempR))
knitr::purl(rmd, output=tempR)
sys.source(tempR, envir=envir)
}
runAllChunks("SO-tag-package-dependencies.Rmd")
Nawet nie trzeba używać purl(): Jeśli knit dokument w konsoli R, kod jest oceniany w środowisku globalnym (domyślnie zobacz opcję na knit()).
Tak więc, jeśli plik jest my.Rmd, to wystarczy uruchomić
library(knitr)
knit('my.Rmd')
Przydatny trik: jeśli chcesz uruchomić tylko do pewnego punktu w dokumencie wstawić błąd jak:
stop('here')
w miejscu w kodzie fragmentu chcesz go zatrzymać i ustawić następujące knitr opcję:
opts_chunk $ zestaw (błąd = false)
w konsoli przed uruchomieniem knit().
Po prostu dodaję lekko do środka, ale działa jak mistrz! Oto moja modyfikacja: runAllChunks <- function (rmd, envir = globalenv()) { tempR <- tempfile (tmpdir = ".", Fileext = ".R") knitr :: purl (rmd, output = tempR) sys.source (tempR, envir = envir) unlink (tempR) } – lucacerone
@lucacerone Dziękujemy za wykrycie błędu w moim kodzie i podanie poprawki. Zmieniłem odpowiedź, aby to odzwierciedlić. – Andrie