exctract skorelowane elementy macierzy korelacji

Question

Mam macierz korelacji w R i chcę wiedzieć, ile grup (i umieścić te grupy w wektorach) elementów koreluje między nimi w ponad 95%.

X <- matrix(0,3,5) 
X[,1] <- c(1,2,3) 
X[,2] <- c(1,2.2,3)*2 
X[,3] <- c(1,2,3.3)*3 
X[,4] <- c(6,5,1) 
X[,5] <- c(6.1,5,1.2)*4 

cor.matrix <- cor(X) 
cor.matrix <- cor.matrix*lower.tri(cor.matrix) 
cor.vector <- which(cor.matrix>0.95, arr.ind=TRUE) 

cor.vector zawiera wtedy:

 row col 
[1,] 2 1 
[2,] 3 1 
[3,] 3 2 
[4,] 5 4 

Oznacza to, że, zgodnie z oczekiwaniami, że wektory 1,2 i 3, korelują między nimi, jak również 4 i 5.

Co muszę jest uzyskanie dwóch wektorów c(1,2,3) i c(4,5) jako wyniku końcowego.

Jest to prosty przykład, ale przetwarzam duże macierze.

Answer 1

Oto Podejście wykorzystujące igraph pakiet:

require(igraph) 
g <- graph.data.frame(cor.vector, directed = FALSE) 
split(unique(as.vector(cor.vector)), clusters(g)$membership) 
# $`1` 
# [1] 2 3 1 

# $`2` 
# [1] 5 4 

co to zasadniczo nie jest znalezienie klastrów na wykresie (g), odłączone zestawów, jak pokazano na rysunku. Ponieważ wierzchołki są używane do utworzenia wykresu w podanej kolejności (z Twojego cor.vector), kolejność grupowania również powraca w tej samej kolejności. Oznacza to, że dla wierzchołków c (2,3,5,1,4) klastry to c (1,1,2,1,2) o łącznej liczbie dwóch skupień (klaster 1 i klaster 2). Po prostu używamy tego do podziału przy użyciu grupy klastrów.