R: Przypisywanie etykiet zmiennych kolumn kolumn danych

Question

Mam problemy ze zmiennymi etykietami kolumn data.frame. Że mam ramkę danych, jak to (część znacznie większej ramki danych):

data <- data.frame(age = c(21, 30, 25, 41, 29, 33), sex = factor(c(1, 2, 1, 2, 1, 2), labels = c("Female", "Male"))) 

Mam też nazwie wektor ze zmienną etykiet dla tych danych:

var.labels <- c(age = "Age in Years", sex = "Sex of the participant") 

Co chcę zrobić jest przypisanie zmiennych etykiet w var.labels do kolumn w ramce danych data przy użyciu funkcji label z pakietu Hmisc. Mogę zrobić je jeden po drugim tak i sprawdzić wynik potem:

> label(data[["age"]]) <- "Age in years" 
> label(data[["sex"]]) <- "Sex of the participant" 
> label(data) 
       age      sex 
     "Age in years" "Sex of the participant" 

Zmienna etykiety są przypisane jako atrybuty kolumn:

> attr(data[["age"]], "label") 
[1] "Age in years" 
> attr(data[["sex"]], "label") 
[1] "Sex of the participant" 

wspaniałe. Jednak przy większej ramce danych, powiedzmy 100 lub więcej kolumn, nie będzie to bardzo wygodne i wydajne. Inną rzeczą, którą mogę łatwo zrobić, to przypisać je bezpośrednio jako atrybuty:

> attr(data, "variable.labels") <- var.labels 

Nie pomaga. Zmienna etykiety nie są przypisane do kolumn:

> label(data) 
age sex 
"" "" 

Zamiast tego, są one przypisane jako atrybut samej ramki danych (patrz ostatni element listy):

> attributes(data) 
$names 
[1] "age" "sex" 

$row.names 
[1] 1 2 3 4 5 6 

$class 
[1] "data.frame" 

$variable.labels 
       age      sex 
     "Age in Years" "Sex of the participant" 

I to jest nie tego chcę. Potrzebuję etykiet zmiennych jako atrybutów kolumn. Starałem się napisać następujące funkcje (i wiele innych):

set.var.labels <- function(dataframe, label.vector){ 
    column.names <- names(dataframe) 
    dataframe <- mapply(label, column.names, label.vector) 
    return(dataframe) 
} 

I niż wykonać go:

> set.var.labels(data, var.labels) 

nie pomogło. Zwraca wartości wektora var.labels, ale nie przypisuje etykiet zmiennych. Jeśli spróbuję przypisać go do nowego obiektu, po prostu zawiera wartości zmiennych etykiet jako wektor.

Answer 1

Można przypisać etykiety używając lapply:

var.labels = c(age="Age in Years", sex="Sex of the participant") 

label(data) = lapply(names(var.labels), 
        function(x) label(data[,x]) = var.labels[x]) 

label(data) 
        age      sex 
      "Age in Years" "Sex of the participant" 

lapply stosuje funkcję do każdego elementu listy lub wektorem. W takim przypadku funkcja zostanie zastosowana do każdej wartości names(var.labels). Zapoznanie się z kilkoma samouczkami jest dobrym sposobem na uzyskanie ogólnego pomysłu, ale na pewno się to uda, jeśli zaczniesz używać lapply w różnych sytuacjach i zobacz, jak się zachowuje.

Answer 2

Jeśli twój wektor etykiet jest zgodny z kolejnością kolumn data.frame, ale nie jest nazwanym wektorem (tak nie może być użyty do podzbioru kolumn data.frame według nazwy, tak jak w innej odpowiedzi znajduje się podejście lapply) można użyć pętli for:

for(i in seq_along(data)){ 
    Hmisc::label(data[, i]) <- var.labels[i] 
} 

label(data) 
#>      age      sex 
#>   "Age in Years" "Sex of the participant" 

Answer 3

Gorąco polecam skorzystać z funkcji Hmisc::upData().

Tutaj reprex przykład:

set.seed(22) 
data <- data.frame(age = floor(rnorm(6,25,10)), 
        sex = gl(2,1,6, labels = c("f","m"))) 
var.labels <- c(age = "Age in Years", 
       sex = "Sex of the participant") 
dplyr::as.tbl(data) # as tibble --------------------------------------------- 
#> # A tibble: 6 × 2 
#>  age sex 
#> <dbl> <fctr> 
#> 1 19  f 
#> 2 49  m 
#> 3 35  f 
#> 4 27  m 
#> 5 22  f 
#> 6 43  m 
data <- Hmisc::upData(data, labels = var.labels) # update data -------------- 
#> Input object size: 1328 bytes;  2 variables  6 observations 
#> New object size: 2096 bytes; 2 variables 6 observations 
Hmisc::label(data) # check new labels --------------------------------------- 
#>      age      sex 
#>   "Age in Years" "Sex of the participant" 
Hmisc::contents(data) # data dictionary ------------------------------------- 
#> 
#> Data frame:data 6 observations and 2 variables Maximum # NAs:0 
#> 
#> 
#>      Labels Levels Class Storage 
#> age   Age in Years  integer integer 
#> sex Sex of the participant  2   integer 
#> 
#> +--------+------+ 
#> |Variable|Levels| 
#> +--------+------+ 
#> | sex | f,m | 
#> +--------+------+