ggplot2: Brak wolnych osi wagi podczas korzystania z geom_dotplot z facet_grid

Question

Próbowałem wygenerować serię wykresów punktowych razem przy użyciu facet_grid. Robiąc to zauważyłem, że geom_dotplot nie reaguje na argument facet_grid's scale = "free_y".

Oto przykładowy kod:

require(ggplot2) 

#Example data 
set.seed(3) 
df = data.frame(Gene = rep(c("a", "b", "c", "d"), each=20), 
       ToD = rep(c("Morning", "Evening"), times = 40), 
       Expression = c(runif(20, min=0, max=10), 
           runif(20, min=0, max=1), 
           runif(20, min=0, max=1000), 
           runif(20, min=0, max=100))) 

#Box plots of example data 
ggplot(df, aes(x = ToD, y = Expression)) + 
    geom_boxplot() + 
    facet_grid(Gene ~ ., scales = "free_y") 

#Dot plots of example data 
ggplot(df, aes(x = ToD, y = Expression)) + 
    geom_dotplot(binaxis = "y", stackdir = "centerwhole") + 
    facet_grid(Gene ~ ., scales = "free_y") 

A oto wersje R i ggplot2 obecnie używam:

• R w wersji 3.2.2 (14.08.2015)
• ggplot2_1.0.1.9003

Więc kiedy generowania wykresów skrzynkowych, wszystko działa zgodnie z oczekiwaniami z osi y skalowanie odpowiednio dla każdego wiersza fasetowanie:

Jednak wykresy dot utrzymać te same łuski oś Y dla każdego fasetowanie rzędu:

Czytałem o znanej bug w ggplot2 gdzie coord_flip i facet_grid nie współdziałają podczas określania wolnych skal. Czy jest to związane z tym samym problemem?

Chociaż mogłem wygenerować każdy z działek indywidualnie, a następnie połączyć je z grid.arrange, jest to uciążliwe dla moich celów. Próbuję wyrównać te wykresy punktowe z innymi działkami fasetowanymi i chciałbym uniknąć konieczności ponownego generowania wszystkich tych przy użyciu grid.arrange. jakieś pomysły?

Dziękuję za pomoc, którą możesz zaoferować, i daj mi znać, jeśli będę mógł udzielić dalszych wyjaśnień.

Answer 1

Czytałem dokument pod numerem ?geom_dotplot. Najwyraźniej opcja binpositions może być ustawiona na "wszystkie" (wszystkie dane razem) lub "bygroup"; domyślny. Zatem stosując Gene zarówno w grupie, jak i aspektów, binpositions może się zmieniać i przynajmniej wolna oś y zwracane:

ggplot(df, aes(x = ToD, y = Expression, group=Gene)) + 
    geom_dotplot(binaxis = "y", stackdir = "centerwhole", binpositions="bygroup") + 
    facet_grid(Gene ~ ., scales = "free_y") 

Ale teraz zgrupowanie na osi x zniknął. Nie ma chyba lepsze rozwiązanie, ale grupowanie przez interakcję pomiędzy genem a Tod zdawała się go rozwiązać:

ggplot(df, aes(x = ToD, y = Expression, group=interaction(Gene,ToD))) + 
    geom_dotplot(binaxis = "y", stackdir = "centerwhole", binpositions="bygroup") + 
    facet_grid(Gene ~ ., scales = "free_y")