fastq

9Ciepło

2Odpowiedz

Jak korzystać z programowania równoległego/wielowątkowości w moim skrypcie Bash?

To jest mój skrypt: #!/bin/bash #script to loop through directories to merge fastq files sourcedir=/path/to/source destdir=/path/to/dest for f in $sourcedir/* do fbase=$(basename "$f")

multithreading bash parallel-processing fastq 2013-08-22

---

6Ciepło

3Odpowiedz

bash:/bin/ls: lista argumentów za długa

muszę zrobić listę dużej liczby plików (40000 plików) jak poniżej: ERR001268_1_100.fastq ERR001268_2_156.fastq ERR001753_2_78.fastq ERR001268_1_101.fastq ERR001268_2_157.fastq ERR001753_2_79.fastq E

list ls fastq 2011-08-11

---

7Ciepło

4Odpowiedz

Jak mogę przyspieszyć mój skrypt Pythona?

Jestem całkiem nowy w Pythonie i napisałem (prawdopodobnie bardzo brzydki) skrypt, który ma losowo wybierać podzbiór sekwencji z pliku fastq. Plik fastq przechowuje informacje w blokach po cztery wier

python performance bioinformatics fastq 2014-12-04

---