Instalacja pakietu GenomicFeatures Problem

Question

Przykro mi, że tak szybko wrócę z prostym pytaniem dotyczącym instalacji, ale moja niezdolność do samodzielnego rozwiązania poważnie ogranicza moją produktywność. W każdym razie próbowałem instalować GenomicFeatures zgodnie z sugestią witryny BC.

> source("http://bioconductor.org/biocLite.R") 
> biocLite("GenomicFeatures") 

Otrzymałem następujące komunikaty o błędach (oprócz kilku komunikatów ostrzegawczych)

ERROR: configuration failed for package ‘RCurl’ 
* removing ‘/home/tim/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.15/RCurl’ 
ERROR: dependencies ‘XML’, ‘RCurl’ are not available for package ‘rtracklayer’ 
* removing ‘/home/tim/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.15/rtracklayer’ 
ERROR: dependencies ‘XML’, ‘RCurl’ are not available for package ‘biomaRt’ 
* removing ‘/home/tim/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.15/biomaRt’ 
ERROR: dependencies ‘rtracklayer’, ‘biomaRt’, ‘RCurl’ are not available for package ‘GenomicFeatures’ 
* removing ‘/home/tim/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.15/GenomicFeatures’ 

Więc jakiś problem z zależnościami Chyba, ale to wydaje się dziwne, że zostaną automatycznie zainstalowane przed GF . Używam wersji 2.15.0. Jakaś wskazówka, jaki może być problem? W razie potrzeby chętnie udzielę więcej informacji. Dzięki.

Answer 1

Martin Morgan ma rozwiązanie, które moim zdaniem działa w komentarzach. Omówię to trochę.

Komunikaty o błędach informują o konieczności zainstalowania pakietów RCurl i XML. Oba te pakiety wymagają, aby twój system miał na sobie pakiety rozwojowe. Wygląda na to, że używasz Linuksa. Jeśli używasz systemu opartego na Debianie (Debian, Ubuntu, Mint, ...), to aby zainstalować RCurl, musisz zainstalować libcurl4-openssl-dev, a aby zainstalować XML, musisz zainstalować libxml2-dev. Możesz to zrobić względnie łatwo w linii poleceń, wpisując:

To powinno zainstalować wymagane pakiety i wszelkie zależności. Następnie powinieneś być w stanie zainstalować pakiety RCurl i XML od wewnątrz R.

install.packages("RCurl") 
install.packages("XML") 

W tym momencie masz wymaganych zależności i powinny być w stanie zainstalować GenomicFeatures z BioConductor.

source("http://bioconductor.org/biocLite.R") 
biocLite("GenomicFeatures") 

Tylko uwaga dla tych korzystania z systemu Windows - coraz RCurl i XML nie zawsze jest łatwe, jednak dr Brian Ripley dostarcza oprogramowanie dla tych pakietów na his website i można je pobrać stamtąd dość łatwo. Początkowo, gdy zobaczyłem, że były problemy z RCurl i XML, pomyślałem, że musi to być użytkownik systemu Windows, dopóki nie spojrzę na rzeczywiste błędy i nie zorientowałem się, że jest to użytkownik Linuksa.