Miałem problem, który może być związany.
Eclipse zaczął wyświetlać nazwy folderów jako konkatenację nazwy folderu z innymi elementami. Folder o nazwie "x" został zastąpiony przez "xorg.eclipse.jdt.core.javabuilderorg.eclipse.m2e.core.maven2builder"
Po zbadaniu różnych możliwych wyjaśnień i/lub rozwiązań, zdałem sobie sprawę, że to zachowanie pojawiło się po moim po usunięciu folderu projektu bez zaznaczenia pola "Usuń zawartość projektu na dysku (nie można dokonać ponownej edycji)". Kiedy następnie ponownie wyewidencjonowałem kod z repozytorium SVN, folder o nazwie "x" nadal znajdował się na moim dysku, więc podejrzewam, że Eclipse utworzył dłuższą wersję folderu zawierającego "x" używając innych elementów z klasy buildSpec.
Rozwiązałem problem przez zamknięcie Eclipse, usunięcie obu folderów ("x" i "xorg.eclipse ..."), ponowne otwarcie Eclipse i ponowne sprawdzenie projektu.