przekazywanie zmiennych z Pythona do skryptu powłoki bash poprzez os.system

Question

W poniższym kodzie konstruuję zmienną $ probe1, którą chcę następnie przekazać do skryptu bash. I przykład zabawkowy poniżej, wyjście jest puste, tj. $ Probe1 nie jest rozpoznawany przez skrypt powłoki bash w wywołaniu os.system. Co musi być zrobione?

for line1 in datfile: 
    datmat=datmat+[line1.rstrip('\n').split('\t')] 
     probe=datmat[i][0] 
     snp1=datmat[i][2] 
    probe1='permprobes'+probe+'pheno.pphe' 
    os.system('echo $probe1') 

Answer 1

Wydaje się to, co chce zrobić:

In [2]: os.environ['probe1'] = 'hello' 

In [3]: os.system('echo $probe1') 
hello 

Ale nie mam pojęcia, dlaczego chcesz to zrobić ...

Answer 2

os.system('echo {0}'.format(probe1)) 

sonda 1 jest zmienna pyton nie zmiennej powłoki.

os.environ['probe1'] = probe1 

ustawi zmienną środowiskową bash na zawartość zmiennej Pythona. Po wyjściu skryptu Pythona zmienna środowiskowa znika.