R: Błąd w dyn.load (file, DLLpath = DLLpath, ...)

Question

Pracuję teraz przez pewien czas nad projektem R w komputerze stacjonarnym mojego biura, ale muszę mieć przy sobie skrypty podczas podróży. Skopiowałem wszystko do mojego laptopa i zrobiłem kilka zmian w kodzie. Niestety, przy próbie kompilacji (po dokładnie tej samej procedury używałem w moim komputerze), następujący błąd:

$ R CMD INSTALL --no-multiarch --with-keep.source coala 
* installing to library ‘/home/my_pc/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3’ 
* installing *source* package ‘coala’ ... 
** libs 
make: Nothing to be done for `all'. 
installing to /home/my_pc/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3/coala/libs 
** R 
** inst 
** preparing package for lazy loading 
** help 
*** installing help indices 
** building package indices 
** installing vignettes 
** testing if installed package can be loaded 
Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) : 
unable to load shared object '/home/my_pc/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3/coala/libs/coala.so': 
/home/my_pc/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3/coala/libs/coala.so: undefined symbol: _ZSt24__throw_out_of_range_fmtPKcz 
Error: loading failed 
Execution halted 
ERROR: loading failed 
* removing ‘/home/my_pc/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3/coala’ 
* restoring previous ‘/home/my_pc/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3/coala’ 

Oba komputery mają ten sam Ubuntu, ale inną wersję R. Ponadto muszę nadmienić, że pracuję w dwóch bibliotekach jednocześnie i że towarzysząca aktualizacja biblioteki przebiega bezproblemowo, co sprawia, że ​​ten komunikat o błędzie jest bardziej zagadkowy. I zostały sprawdzone odpowiedzi, które mogą być związane z tym pytanie, ale nie można dowiedzieć się, jak zastosować swoje rozwiązania:

R: error installing packages UBUNTU - Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) : unable to load shared object Got message unable to load shared object stats.so when R starts

Czy istnieje sposób, aby rozwiązać ten problem? Która może być przyczyną? Co to jest niezdefiniowany symbol _ZSt24__throw_out_of_range_fmtPKcz?

Answer 1

Co to jest .libPaths() podając jako wynik?

Ten sam problem wystąpił przy użyciu najnowszej aktualizacji (R 3.3.1 dla systemu MacOS X). Wydaje się, że moja instalacja R uległa awarii po aktualizacji. Moje rozwiązanie było po prostu usunąć lib katalogi z systemu plików i ponownie zainstalować R:

rm -rf /Users/johann/Library/R/3.3/library 
sudo rm -rf Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.3/Resources/library 

Hope this helps ...

Answer 2

Problemem jest powiązanie z g ++ stdlib. Różne wersje Ubuntu mają różne wersje g ++ stdlib. Nie możesz zawsze kopiować plików binarnych z jednego do drugiego.

Możesz to naprawić, rekompilując R na laptopa lub korzystając z pakietów Ubuntu R. na przykład http://packages.ubuntu.com/xenial/r-base