Pokaż wszystkie linie w wyjściu z pakietu GenomicRange

Question

Pracuję z pakietem GenomicRange R. Mam plik wejściowy takiego:

dvex108056 + 87 206 
dvex108056 + 87 226 
dvex108056 - 101 240 
dvex108056 - 104 240 
dvex108056 - 59 188 
dvex108056 - 68 197 
dvex108056 - 70 208 
dvex108056 - 75 211 
dvex108056 - 78 217 
dvex108056 - 79 218 
dvex108056 - 84 223 
dvex108056 - 85 220 
dvex108056 - 87 226 
dvex108056 - 88 226 
dvex108056 - 88 227 
dvex108056 - 91 210 
dvex108056 - 91 230 
dvex114041 - 6255 6383 
dvex144086 + 2557 2678 
dvex144086 + 2561 2678 
dvex144086 + 2562 2678 
dvex144086 + 2564 2678 
dvex144086 - 2549 2678 
dvex186339 + 971 1108 
dvex186339 + 971 1112 
dvex186339 + 972 1112 
dvex186339 + 979 1115 
dvex209845 - 428 553 
dvex209845 - 436 553 
dvex209845 - 445 553 
dvex238049 + 435 572 
dvex238049 + 435 575 
dvex238049 + 435 576 
dvex238049 - 400 541 
dvex490175 - 5 144 
dvex564118 - 476 604 
dvex567944 + 1 121 
dvex567944 + 1 124 
dvex567944 + 1 125 
dvex567944 + 1 129 
dvex567944 + 6 125 
dvex567944 - 1 130 
dvex567944 - 6 125 
dvex600495 - 706 844 
dvex619713 - 26 165 
dvex619713 - 28 167 
dvex619713 - 34 173 
dvex619713 - 49 185 
dvex667132 + 1 119 
dvex667132 + 1 99 
dvex667132 - 1 120 
dvex667132 - 1 121 
dvex685093 - 113 242 
dvex685093 - 127 243 
dvex685093 - 144 243 
dvex700401 - 1 120 
dvex700401 - 1 130 
dvex700401 - 1 132 
dvex758265 - 1 139 
dvex758265 - 15 154 
dvex758265 - 16 155 
dvex758265 - 21 160 
dvex758265 - 36 172 
dvex758265 - 4 140 
dvex758265 - 7 146 
dvex777870 + 100 200 
dvex777870 + 104 200 
dvex777870 + 80 200 
dvex777870 + 84 200 
dvex777870 + 85 200 
dvex777870 + 87 200 
dvex777870 + 90 200 
dvex777870 + 94 200 
dvex777870 - 72 200 
dvex792767 - 2083 2211 
dvex833399 - 434 545 
dvex833399 - 435 545 
dvex833399 - 437 545 

Gdy używam GRANGES zredukować wszystkie te linie na nakładające się współrzędne z tymi kodu:

> tabla <- read.table(file="~/Desktop/ncRNA/Data/Inputs/rRNAs/60/Infernal/test3.txt") 
> colnames(tabla) <- c('scal', 'strand', 'start', 'end') 
> all <- with(tabla, GRanges(scal, IRanges(start, end), strand)) 
> reduce(all) 

R generuje moc:

GRanges with 24 ranges and 0 metadata columns: 
    seqnames  ranges strand 
     <Rle> <IRanges> <Rle> 
    [1] dvex108056 [ 87, 226]  + 
    [2] dvex108056 [ 59, 240]  - 
    [3] dvex114041 [6255, 6383]  - 
    [4] dvex144086 [2557, 2678]  + 
    [5] dvex144086 [2549, 2678]  - 
    ...  ...   ... ... 
    [20] dvex758265 [ 1, 172]  - 
    [21] dvex777870 [ 80, 200]  + 
    [22] dvex777870 [ 72, 200]  - 
    [23] dvex792767 [2083, 2211]  - 
    [24] dvex833399 [ 434, 545]  - 
    --- 
    seqlengths: 
    dvex108056 dvex114041 dvex144086 ... dvex777870 dvex792767 dvex833399 
      NA   NA   NA ...   NA   NA   NA 

Chcę wydrukować całe wyjście generowane przez GenomicRanges. Unikanie ... ... ... linii. Czy to możliwe? Uważam, że jest to struktura data.frame, ale nie mam dostępu do wszystkich rekordów.

Z góry dziękuję.

Answer 1

W obecnym wydaniu na ?GenomicRanges jest ta instrukcja

## The number of lines displayed in the 'show' method 
## are controlled with two global options. 
longGR <- c(gr[,"score"], gr2[,"score"], gr3) 
longGR 
options("showHeadLines"=7) 
options("showTailLines"=2) 
longGR 

## Revert to default values 
options("showHeadLines"=NULL) 
options("showTailLines"=NULL) 

, więc na przykład

options(showTailLines=Inf) 

daje ekrany pełne wszystkiego.

Answer 2

próby drukowania to tak

write.table(YourData ,"Howyouwannanameit.tsv", quote=F, coln.names=T, row.names=F)

Jestem całkiem pewien, że nie będzie miał linię .... Myślę, że to jest właśnie to, co robi, gdy R próbuje pokazać pierwszy i ostatni wydziwianie.

Answer 3

przekonwertować go na data.frame i zapisać go na zewnątrz "w zwykły sposób": (v. 1.12.4)

red.all <- reduce(all) 
write.table(as.data.frame(red.all), ...)