R ułożone wykres słupkowy geom_text

Question

Próbuję wykreślić skumulowany wykres słupkowy w R za pomocą ggplot. Chcę również uwzględnić procent w każdym kawałku taktu. Próbowałem śledzić posty: 1, , 3, ale wartości nie są dokładnie w ich odpowiednich blokach. Moje dane to plik w formacie dropbox.

Mój kod wygląda następująco:

f<-read.table("Input.txt", sep="\t", header=TRUE) 

ggplot(data=f, aes(x=Form, y=Percentage, fill=Position)) + 
    geom_bar(stat="identity", colour="black") + 
    geom_text(position="stack", aes(x=Form, y=Percentage, ymax=Percentage, label=Percentage, hjust=0.5)) + 
    facet_grid(Sample_name ~ Sample_type, scales="free", space="free") + 
    opts(title = "Input_profile", 
     axis.text.x = theme_text(angle = 90, hjust = 1, size = 8, colour = "grey50"), 
     plot.title = theme_text(face="bold", size=11), 
     axis.title.x = theme_text(face="bold", size=9), 
     axis.title.y = theme_text(face="bold", size=9, angle=90), 
     panel.grid.major = theme_blank(), 
     panel.grid.minor = theme_blank()) + 
    scale_fill_hue(c=45, l=80) 

ggsave("Output.pdf") 

Wyjście jest-

Każda pomoc jest mile widziana. Dziękuję za pomoc i czas!

Answer 1

Myślę, że używasz starszej wersji ggplot2. Ponieważ z kodem zmodyfikowane do ggplot2 v 0.9.3, mam to:

p <- ggplot(data = df, aes(x = Form, y = Percentage, fill = Position)) 
p <- p + geom_bar(stat = "identity", colour = "black") 
p <- p + geom_text(position = "stack", aes(x = Form, y = Percentage, ymax = Percentage, label = Percentage, hjust = 0.5)) 
p <- p + facet_grid(Sample_name ~ Sample_type, scales="free", space="free") 
p <- p + theme(plot.title = element_text("Input_profile"), 
     axis.text.x = element_text(angle = 90, hjust = 1, size = 8, colour = "grey50"), 
     plot.title = element_text(face="bold", size=11), 
     axis.title.x = element_text(face="bold", size=9), 
     axis.title.y = element_text(face="bold", size=9, angle=90), 
     panel.grid.major = element_blank(), 
     panel.grid.minor = element_blank()) 
p <- p + scale_fill_hue(c=45, l=80) 
p 

Widać, że obiekty tekstowe są zwykle umieszczone prawidłowo. Są miejsca, w których słupki są zbyt krótkie, aby numery się pokrywały. Możesz także grać z parametrem size.

Aby to naprawić, możesz zrobić coś takiego, aby zsumować liczby samodzielnie.

df <- ddply(df, .(Form, Sample_type, Sample_name), transform, 
     cum.perc = Reduce('+', list(Percentage/2,cumsum(c(0,head(Percentage,-1)))))) 

p <- ggplot(data = df, aes(x = Form, y = Percentage, fill = Position)) 
p <- p + geom_bar(stat = "identity", colour = "black") 
p <- p + geom_text(aes(x = Form, y = cum.perc, ymax = cum.perc, label = Percentage, hjust = 0.5), size=2.7) 
p <- p + facet_grid(Sample_name ~ Sample_type, scales="free", space="free") 
p <- p + theme(plot.title = element_text("Input_profile"), 
     axis.text.x = element_text(angle = 90, hjust = 1, size = 8, colour = "grey50"), 
     plot.title = element_text(face="bold", size=11), 
     axis.title.x = element_text(face="bold", size=9), 
     axis.title.y = element_text(face="bold", size=9, angle=90), 
     panel.grid.major = element_blank(), 
     panel.grid.minor = element_blank()) 
p <- p + scale_fill_hue(c=45, l=80) 
p 

Daje:

Answer 2

Oto rozwiązanie przy użyciu barchart z siatki.

library(latticeExtra) 
barchart(Percentage~Form|Sample_type*Sample_name,data=dat, 
     groups =Position,stack=T, 
     panel=function(...){ 
      panel.barchart(...) 
      ll <- list(...) 
      keep <- !is.na(ll$groups[ll$subscripts]) 
      x <- as.numeric(ll$x[keep]) 
      y <- as.numeric(ll$y[keep]) 
      groups <- as.numeric(factor(ll$groups)[ll$subscripts[keep]]) 
      for (i in unique(x)) { 
       ok <- x == i 
       ord <- sort.list(groups[ok]) 
       pos <- y[ok][ord] > 0 
       nok <- sum(pos, na.rm = TRUE) 
       h <- y[ok][ord][pos] 
       panel.text(x = rep(i, nok),y = cumsum(h)-0.5*h, 
          label = h,cex=1.5) 
      } 
     }, 
     auto.key = list(columns = 5), 
     par.settings = ggplot2like(n = 5), 
     lattice.options = ggplot2like.opts())