Sortuj plik rozdzielany tabulatorami na podstawie polecenia sortowania kolumnowego bash

Próbuję posortować ten plik na podstawie czwartej kolumny. Chcę, aby plik został zmieniony na podstawie wartości czwartej kolumny.Sortuj plik rozdzielany tabulatorami na podstawie polecenia sortowania kolumnowego bash

Plik:

2 1:103496792:A 0 103496792 
3 1:103544434:A 0 103544434 
4 1:103548497:A 0 103548497 
1 1:10363487:T 0 10363487

chcę sortowane tak:

1 1:10363487:T 0 10363487 
2 1:103496792:A 0 103496792 
3 1:103544434:A 0 103544434 
4 1:103548497:A 0 103548497

Próbowałem tego polecenia:

sort -t$'\t' -k1,1 -k2,2 -k3,3 -k 4,4 <filename>

Ale otrzymuję błąd nazwy nielegalnego zmienny. Czy ktoś może mi w tym pomóc?

2013-07-02 Vignesh

Aby posortować w czwartej kolumnie, użyj tylko selektora -k 4,4.

sort -t $'\t' -k 4,4 <filename>

Możesz również chcieć -V, który sortuje liczby bardziej naturalnie. Na przykład, wydając 1 2 10 zamiast 1 10 2 (porządek leksykograficzny).

sort -t $'\t' -k 4,4 -V <filename>

Jeśli otrzymujesz błędy dotyczące $'\t' następnie upewnij się, że powłoki bash. Być może brakuje Ci #!/bin/bash u góry skryptu?

2013-07-02 16:12:27

sam błąd .. choć nielegalne nazwa zmiennej. Nie wiem, jak to rozwiązać. Wiem, że problem jest z $ – Vignesh

Upewnij się, że używasz bash, a nie '#!/Bin/sh' lub' sh script' –

Opcja '-t' będzie tu opcjonalna, ponieważ domyślny separator kolumn "dowolny spacja" wystarczyłoby dla twojego pliku. – chepner

Uważam, że masz błędne $ w swoim poleceniu.

Spróbuj:

sort -t\t -nk4

2013-07-02 16:13:31 Phylogenesis

'$ '..'' jest składnią bash do rozszerzania sekwencji unikowych. W tym przypadku rozwija się do literalnej zakładki. –

, które pomogły, ale nie można go zamówić jako 1 2 10 niż 1 10 2 22 ?? – Vignesh

To właśnie powinna robić flaga '-n' (sortowanie numeryczne). – Phylogenesis

Odpowiedz