Dodaj słupki błędów, aby zobaczyć odchylenie standardowe na działce w R

Question

Dla każdego X -value ja obliczonej średniej Y -value i odchylenie standardowe (sd) każdego wartość Y

x = 1:5 
y = c(1.1, 1.5, 2.9, 3.8, 5.2) 
sd = c(0.1, 0.3, 0.2, 0.2, 0.4) 

plot (x, y) 

Jak mogę wykorzystać standardowe odchylenie, aby dodać paski błędów do każdego punktu danych mojego wykresu?

Answer 1

problem roztworem csgillespie, gdy masz logarytmiczną oś X. Będziesz miał różną długość małych pasków po prawej stronie po lewej stronie (epsilon podąża za wartościami x).

Powinieneś lepiej użyć funkcji errbar z pakietu Hmisc:

d = data.frame(
    x = c(1:5) 
    , y = c(1.1, 1.5, 2.9, 3.8, 5.2) 
    , sd = c(0.2, 0.3, 0.2, 0.0, 0.4) 
) 

##install.packages("Hmisc", dependencies=T) 
library("Hmisc") 

# add error bars (without adjusting yrange) 
plot(d$x, d$y, type="n") 
with (
    data = d 
    , expr = errbar(x, y, y+sd, y-sd, add=T, pch=1, cap=.1) 
) 

# new plot (adjusts Yrange automatically) 
with (
    data = d 
    , expr = errbar(x, y, y+sd, y-sd, add=F, pch=1, cap=.015, log="x") 
) 

Answer 2

Możesz użyć segments, aby dodać paski w podstawowej grafice. Tutaj epsilon steruje linią wzdłuż górnej i dolnej linii.

plot (x, y, ylim=c(0, 6)) 
epsilon = 0.02 
for(i in 1:5) { 
    up = y[i] + sd[i] 
    low = y[i] - sd[i] 
    segments(x[i],low , x[i], up) 
    segments(x[i]-epsilon, up , x[i]+epsilon, up) 
    segments(x[i]-epsilon, low , x[i]+epsilon, low) 
} 

Jak @thelatemail zwraca uwagę, że powinienem naprawdę używali funkcja zwraca wektoryzowane:

segments(x, y-sd,x, y+sd) 
epsilon = 0.02 
segments(x-epsilon,y-sd,x+epsilon,y-sd) 
segments(x-epsilon,y+sd,x+epsilon,y+sd) 

Answer 3

Rozwiązanie z ggplot2:

qplot(x,y)+geom_errorbar(aes(x=x, ymin=y-sd, ymax=y+sd), width=0.25) 

Answer 4

Oprócz odpowiedzi @ csgillespie, w segments również wektoryzowane pomóc w tego typu rzeczy: wydaje

plot (x, y, ylim=c(0,6)) 
segments(x,y-sd,x,y+sd) 
epsilon <- 0.02 
segments(x-epsilon,y-sd,x+epsilon,y-sd) 
segments(x-epsilon,y+sd,x+epsilon,y+sd) 

Answer 5

Można użyć arrows:

arrows(x,y-sd,x,y+sd, code=3, length=0.02, angle = 90)