Factor wspólny kod się w osobnym pliku R, a następnie pozyskać ten plik R do każdego RMD złożyć chcesz go.
tak na przykład powiedzmy mam dwa raporty muszę dokonać, grypa ognisk i Guns vs. Butter Analysis. Naturalnie utworzyłbym dwa dokumenty Rmd i skończyłem z tym.
Przypuśćmy teraz, że szef przyjdzie i chce zobaczyć zmiany grypy w porównaniu z cenami masła (kontrolując amunicję 9mm).
- Kopiowanie i wklejanie kodu do analizowania raportów do nowego raportu jest złym pomysłem dla ponownego użycia kodu, itp
- chcę ładnie wyglądać.
Moje rozwiązanie było czynnikiem projektu do tych plików:
- Flu.Rmd
- Guns_N_Butter.Rmd
- guns_data_import.R
- butter_data_import.R
wewnątrz każdego pliku RMD bym coś takiego:
```{r include=FALSE}
source('flu_data_import.R')
```
Problem polega na tym, że tracimy powtarzalność. Moim rozwiązaniem jest utworzenie wspólnego dokumentu podrzędnego, który będzie dołączany do każdego pliku Rmd. Tak na końcu każdego pliku RMD tworzę, to dodam:
```{r autodoc, child='autodoc.Rmd', eval=TRUE}
```
I, oczywiście, autodoc.Rmd:
Source Data & Code
----------------------------
<div id="accordion-start"></div>
```{r sourcedata, echo=FALSE, results='asis', warnings=FALSE}
if(!exists(autodoc.skip.df)) {
autodoc.skip.df <- list()
}
#Generate the following table:
for (i in ls(.GlobalEnv)) {
if(!i %in% autodoc.skip.df) {
itm <- tryCatch(get(i), error=function(e) NA)
if(typeof(itm)=="list") {
if(is.data.frame(itm)) {
cat(sprintf("### %s\n", i))
print(xtable(itm), type="html", include.rownames=FALSE, html.table.attributes=sprintf("class='exportable' id='%s'", i))
}
}
}
}
```
### Source Code
```{r allsource, echo=FALSE, results='asis', warning=FALSE, cache=FALSE}
fns <- unique(c(compact(llply(.data=llply(.data=ls(all.names=TRUE), .fun=function(x) {a<-get(x); c(normalizePath(getSrcDirectory(a)),getSrcFilename(a))}), .fun=function(x) { if(length(x)>0) { x } })), llply(names(sourced), function(x) c(normalizePath(dirname(x)), basename(x)))))
for (itm in fns) {
cat(sprintf("#### %s\n", itm[2]))
cat("\n```{r eval=FALSE}\n")
cat(paste(tryCatch(readLines(file.path(itm[1], itm[2])), error=function(e) sprintf("Could not read source file named %s", file.path(itm[1], itm[2]))), sep="\n", collapse="\n"))
cat("\n```\n")
}
```
<div id="accordion-stop"></div>
<script type="text/javascript">
```{r jqueryinclude, echo=FALSE, results='asis', warning=FALSE}
cat(readLines(url("http://code.jquery.com/jquery-1.9.1.min.js")), sep="\n")
```
</script>
<script type="text/javascript">
```{r tablesorterinclude, echo=FALSE, results='asis', warning=FALSE}
cat(readLines(url("http://tablesorter.com/__jquery.tablesorter.js")), sep="\n")
```
</script>
<script type="text/javascript">
```{r jqueryuiinclude, echo=FALSE, results='asis', warning=FALSE}
cat(readLines(url("http://code.jquery.com/ui/1.10.2/jquery-ui.min.js")), sep="\n")
```
</script>
<script type="text/javascript">
```{r table2csvinclude, echo=FALSE, results='asis', warning=FALSE}
cat(readLines(file.path(jspath, "table2csv.js")), sep="\n")
```
</script>
<script type="text/javascript">
$(document).ready(function() {
$('tr').has('th').wrap('<thead></thead>');
$('table').each(function() { $('thead', this).prependTo(this); });
$('table').addClass('tablesorter');$('table').tablesorter();});
//need to put this before the accordion stuff because the panels being hidden makes table2csv return null data
$('table.exportable').each(function() {$(this).after('<a download="' + $(this).attr('id') + '.csv" href="data:application/csv;charset=utf-8,'+encodeURIComponent($(this).table2CSV({delivery:'value'}))+'">Download '+$(this).attr('id')+'</a>')});
$('#accordion-start').nextUntil('#accordion-stop').wrapAll("<div id='accordion'></div>");
$('#accordion > h3').each(function() { $(this).nextUntil('h3').wrapAll("<div>"); });
$('#accordion').accordion({ heightStyle: "content", collapsible: true, active: false });
</script>
NB, ten jest przeznaczony dla RMD -> HTML workflow . To będzie brzydki bałagan, jeśli pójdziesz z lateksem lub cokolwiek innego. Ten dokument Rmd przegląda globalne środowisko dla wszystkich plików ed() i zawiera ich źródło na końcu dokumentu. Zawiera jquery ui, tablesorter i ustawia dokument na używanie stylu akordeonu do pokazywania/ukrywania plików źródłowych. Jest to praca w toku, ale możesz ją dostosować do własnych potrzeb.
Ani jeden liniowiec, wiem. Mam nadzieję, że daje ci przynajmniej kilka pomysłów :)
ja faktycznie ma naprawdę trudno zrozumieć swoje pytanie (czytałem go kilka razy). Możesz łatwo pobrać inne skrypty R do pliku 'Rmd'. Ale czy chcesz także pozyskać w innych plikach 'markdown' pliki, które są dziane? – Maiasaura
Chcę pobrać kod R wewnątrz fragmentów kodu R w plikach R Markdown (tj. * .rmd)? Trochę zmieniłem to pytanie, aby zrobić wszystko jaśniej. –
Coś w rodzaju "zawierają" w lateksie. Jeśli przecena wspiera włączenie innych dokumentów przecenowych, utworzenie takiej funkcji powinno być stosunkowo łatwe. –