Zapisywanie ramki danych jako pliku binarnego

Question

Chciałbym zapisać całą masę relatywnie dużych ramek danych, jednocześnie minimalizując ilość miejsca zajmowanego przez pliki. Podczas otwierania plików muszę mieć możliwość kontrolowania, jakie imiona są nadawane w obszarze roboczym.

Zasadniczo szukam symantics dput i dget, ale z plikami binarnymi.

Przykład:

n<-10000 

for(i in 1:100){ 
    dat<-data.frame(a=rep(c("Item 1","Item 2"),n/2),b=rnorm(n), 
     c=rnorm(n),d=rnorm(n),e=rnorm(n)) 
    dput(dat,paste("data",i,sep="")) 
} 


##much later 


##extract 3 random data sets and bind them 
for(i in 1:10){ 
    nums<-sample(1:100,3) 
    comb<-rbind(dget(paste("data",nums[1],sep="")), 
      dget(paste("data",nums[2],sep="")), 
      dget(paste("data",nums[3],sep=""))) 
    ##do stuff here 
} 

Answer 1

Najprościej jest użycie plików RDA. Można użyć save() i load() polecenia do zapisu i odczytu:

set.seed(101) 
a = data.frame(x1=runif(10), x2=runif(10), x3=runif(10)) 

save(a, file="test.rda") 
load("test.rda") 

Edit: Dla kompletności, tak aby pokryć co sugestia Harlana może wyglądać (czyli owijania polecenie obciążenia, aby powrócić do ramki danych):

loadx <- function(x, file) { 
    load(file) 
    return(x) 
} 

loadx(a, "test.rda") 

---

Alternatywnie, spojrzeć na hdf5, RNetCDF i ncdf pakietach. W przeszłości eksperymentowałem z hdf5 package; to używa the NCSA HDF5 library. To bardzo proste:

hdf5save(fileout, ...) 
hdf5load(file, load = TRUE, verbosity = 0, tidy = FALSE) 

Ostatnią opcją jest użycie połączeń binarnych plików, ale to nie będzie dobrze działać w Twoim przypadku, ponieważ readBin i writeBin obsługuje tylko wektory:

Oto trywialny przykład. Pisać niektóre dane z „W” i dołączyć „B” do podłączenia:

zz <- file("testbin", "wb") 
writeBin(1:10, zz) 
close(zz) 

następnie odczytać dane z „R” i dołączyć „B” do podłączenia:

zz <- file("testbin", "rb") 
readBin(zz, integer(), 4) 
close(zz) 

Answer 2

Użytkownik może spójrz na saveRDS i readRDS. Są to funkcje do serializacji.

x = data.frame(x1=runif(10), x2=runif(10), x3=runif(10)) 

saveRDS(x, file="myDataFile.rds") 
x <- readRDS(file="myDataFile.rds")