Z grubsza to, w jaki sposób dodaję mój plik cpp, nie powinno być inaczej w twoim przypadku.
Kod doda plik pod "SourceFiles \ SomeFolder" w projekcie, a także w folderze "Source Files" w drzewie widoku projektu (powinno już być tam).
Project project = null; // you should get the project from the solution or as active project or somehow else
string fileName = "myFileName.cpp";
string fileRelativePath = "SourceFiles\\SomeFolder\\" + fileName;
// First see if the file is already there and delete it (to create an empty one)
string fileFullPath = Path.GetDirectoryName(project.FileName) + "\\" + fileRelativePath;
if (File.Exists(fileFullPath))
File.Delete(fileFullPath);
// m_applicationObject here is DTE2 or DTE2
string templatePath = (m_applicationObject.Solution as Solution2).ProjectItemsTemplatePath(project.Kind);
ProjectItem folderItem = project.ProjectItems.Item("Source Files");
ProjectItem myFileItem = folderItem.ProjectItems.AddFromTemplate(templatePath + "/newc++file.cpp", fileRelativePath);
Proszę nie oczekiwać, że kod, aby skompilować i uruchomić od razu - niektórzy sprawdza nieprawidłowym stanie nie są wykonywane tutaj.