Różne dane w górnym i dolnym panelu macierzy wykresu rozrzutu

Question

Chcę wykreślić dwa różne zestawy danych w scatterplot matrix.

Wiem, że mogę używać upper.panel i lower.panel do rozróżnienia funkcji wydruku . Jednak nie udało mi się umieścić moich danych w odpowiednim formacie, aby to wykorzystać.

Załóż, że mam dwie tkanki ("mózg" i "serce") i cztery warunki (1-4). Teraz mogę użyć np. pairs(data$heart), aby uzyskać macierz rozproszoną dla jednego ze zbiorów danych. Przyjmijmy, mam następujące dane:

conditions <- 1 : 4 
noise <- rnorm(100) 
data <- list(brain = sapply(conditions, function (x) noise + 0.1 * rnorm(100)), 
      heart = sapply(conditions, function (x) noise + 0.3 * rnorm(100))) 

Jak mogę to do formatu tak, że pairs(data, …) Działki jeden zestaw danych powyżej i jeden poniżej przekątnej, jak pokazano tutaj (zielony = mózg, fioletowy = serca):

Wystarczy za pomocą

pairs(data, upper.panel = something, lower.panel = somethingElse) 

nie działa, ponieważ to będzie wykreślić wszystkie warunki kontra każdych warunkach bez ponownego gard dla różnych tkanek - w zasadzie ignoruje listę, i to samo przy zmianie kolejności hierarchii (tj. o data = (A=list(brain=…, heart=…), B=list(brain=…, heart=…), …)).

Answer 1

Jest to najlepszy wydaje mi się, aby móc zrobić poprzez argumenty Podania:

foo.upper <- function(x,y,ind.upper,col.upper,ind.lower,col.lower,...){ 
    points(x[ind.upper],y[ind.upper],col = col.upper,...) 
} 

foo.lower <- function(x,y,ind.lower,col.lower,ind.upper,col.upper,...){ 
    points(x[ind.lower],y[ind.lower],col = col.lower,...) 
} 

pairs(dat[,-5], 
     lower.panel = foo.lower, 
     upper.panel = foo.upper, 
     ind.upper = dat$type == 'brain', 
     ind.lower = dat$type == 'heart', 
     col.upper = 'blue', 
     col.lower = 'red') 

Należy pamiętać, że każda płyta musi wszystkie argumenty. ... jest okrutną kochanką. Jeśli uwzględnisz tylko argumenty specyficzne dla panelu w każdej funkcji, wydaje się, że działa, ale dostajesz dużo ostrzeżeń od R, próbujących przekazać te argumenty do zwykłych funkcji kreślenia i oczywiście one nie istnieją.

To była moja pierwsza próba szybkie, ale wydaje się brzydki:

dat <- as.data.frame(do.call(rbind,data)) 
dat$type <- rep(c('brain','heart'),each = 100) 

foo.upper <- function(x,y,...){ 
    points(x[dat$type == 'brain'],y[dat$type == 'brain'],col = 'red',...) 
} 

foo.lower <- function(x,y,...){ 
    points(x[dat$type == 'heart'],y[dat$type == 'heart'],col = 'blue',...) 
} 

pairs(dat[,-5],lower.panel = foo.lower,upper.panel = foo.upper) 

mam nadużywa scopingu R jest tutaj w tej drugiej wersji nieco brzydki sposób. (Oczywiście, można prawdopodobnie to zrobić w bardziej elegancki w siatkowej, ale prawdopodobnie wiedział.)

Jedynym rozwiązaniem można myślę jest zaprojektowanie własnego macierzy wykres punktowy przy użyciu layout, ale to chyba dość trochę pracy.

Lattice Edycja

Oto przynajmniej początek na rozwiązanie siatkowej. It powinien uchwyt zmienny zakresy osi x, y lepiej, ale nie przetestowałem tego.

dat <- do.call(rbind,data) 
dat <- as.data.frame(dat) 
dat$grp <- rep(letters[1:2],each = 100) 

plower <- function(x,y,grp,...){ 
    panel.xyplot(x[grp == 'a'],y[grp == 'a'],col = 'red',...) 
} 

pupper <- function(x,y,grp,...){ 
    panel.xyplot(x[grp == 'b'],y[grp == 'b'],...) 
} 

splom(~dat[,1:4], 
     data = dat, 
     lower.panel = plower, 
     upper.panel = pupper, 
     grp = dat$grp)