Jak mogę zapewnić spójne środowisko R wśród różnych użytkowników na tym samym serwerze?

Piszę protokół do powtarzalnej analizy przy użyciu pakietu wewnętrznego "MyPKG". Każdy użytkownik dostarczy własne pliki wejściowe; inne niż dane wejściowe, analizy powinny być prowadzone na tych samych warunkach. (np. abyśmy mogli wywnioskować, że różne wyniki wynikają z różnych plików wejściowych).Jak mogę zapewnić spójne środowisko R wśród różnych użytkowników na tym samym serwerze?

MyPKG jest w fazie rozwoju, więc library(MyPKG) załaduje tę ostatnią wersję, którą użytkownik skompilował w swojej lokalnej bibliotece. Będzie również ładować wszystkie zależności znalezione w ich lokalnych bibliotekach.

Ale chcę, aby każdy używał konkretnej wersji (MyPKG_3.14) do tej analizy, jednocześnie umożliwiając tworzenie nowszych wersji. Jeśli rozumiem poprawnie, "R --vanilla" załaduje te same zależności dla wszystkich.

Gdy skończymy, zachowamy środowisko pracy jako maszynę wirtualną, aby utrzymać stabilne i odtwarzalne środowisko. Dlatego wystarczy rozwiązanie tymczasowe (6 miesięcy).

Mam dwa potencjalne rozwiązania, ale nie jestem pewien, czy jest wystarczająca.

poprosić administratora serwera, aby zainstalować MyPKG_3.14 w domyślnej ścieżce R, a następnie podać następujący kod w protokole:
```
R --vanilla 
library(MyPKG) 
.... 
```
lub
kompilacji MyPKG_3.14 w miłym konkretna biblioteka, np lib.loc = "/home/share/lib/R/MyPKG_3.14", a następnie dostarczyć
```
R --vanilla 
library(MyPKG) 
```

Czy oba te podejścia wystarczających do zapewnienia, że każdy jest uruchomiony ta sama wersja?
Czy jeden jest lepszy od drugiego?
Czy mogą pojawić się inne nieprzewidziane problemy?
Czy istnieje opcja standaryzacji wielu analiz?
Czy powinienem dołączyć test wyjścia z SessionInfo()?
Czy byłoby lepiej utworzyć jedno konto na serwerze, aby wszyscy mogli z niego korzystać?

Źródło

2012-09-20 David LeBauer

Świetne pytanie. Pracuję nad tym zagadnieniem w ramach większego projektu i planuję wydać bibliotekę, która wygeneruje ślady pochodzenia po wykonaniu. Łatwo byłoby porównać dwa ślady i zobaczyć, czy różnica dotyczy tylko nowych danych lub nowych bibliotek i można je zmienić w razie potrzeby, jeśli pojawią się różne wyniki. Wyślij mi wiadomość e-mail, aby uzyskać więcej informacji. – Maiasaura

@Maiasaura Nie widzę twojego adresu e-mail. Czy zaczyna się od kram? –

tak. Berkeley dot edu – Maiasaura

para punktów:

pomocą instalacji całego systemu pakietów, np plik binarny Debiana/Ubuntu dla R (w tym porty CRAN) spróbuje użyć /usr/local/lib/R/site-library (które użytkownicy mogą zainstalować również, jeśli zostaną dodani do grupy posiadającej katalog). W ten sposób wszyscy mają tę samą wersję
Użyj konfiguracji systemowej, np. wolisz $R_HOME/etc/ nad plikami dot poniżej ~/. Z tego samego powodu, pakiet Debian/Ubuntu oferuje miękkie linki w /etc/R/
Użyj faciltiów R, aby wysłać zapytanie do swoich pakietów (np. installed.packages()), aby zgłosić pakiety i wersje.
Używaj, o ile są dostępne, funkcji na poziomie systemu operacyjnego do wysyłania zapytań o wydanie i wersję systemu operacyjnego. Jest to jednak mniej wystandaryzowane.

Odnośnie ostatniego punktu mojej skrzynki w domu mówi

> [email protected]:~$ lsb_release -a | tail -4 
> Distributor ID: Ubuntu 
> Description: Ubuntu 12.04.1 LTS 
> Release:  12.04 
> Codename:  precise 
> [email protected]:~$

który jest początek.

Źródło

2012-09-20 19:30:59

+ 1 bardzo pomocne porady daliście mi ostatnio do usunięcia "~/R/x86_64-pc-linux-gnu-biblioteka/2,15" – GSee

Jak mogę zapewnić spójne środowisko R wśród różnych użytkowników na tym samym serwerze?

Odpowiedz

Powiązane problemy