geom_text z facet_wrap w ggplot2, gdy grupa określona

Question

Podczas używania ggplot2 do tworzenia fasetowanych wątków, mam problem z uzyskaniem pojedynczych etykiet w każdym aspekcie, gdy również określam parametr grupowania. Bez podania nazwy group = ... wszystko działa dobrze, ale próbuję utworzyć wykresy sparowanych danych, które podkreślają zmiany przed i po leczeniu.

Oto przykład:

library(tidyr) 
library(ggplot2) 

set.seed(253) 
data <- data.frame(Subject = LETTERS[1:10], 
        Day1.CompoundA = rnorm(10, 4, 2), 
        Day2.CompoundA = rnorm(10, 7, 2), 
        Day1.CompoundB = rnorm(10, 5, 2), 
        Day2.CompoundB = rnorm(10, 5.5, 2)) 

# Compare concentration of compounds by day 
A <- t.test(data$Day1.CompoundA, data$Day2.CompoundA, paired = TRUE) 
B <- t.test(data$Day1.CompoundB, data$Day2.CompoundB, paired = TRUE) 

data.long <- gather(data, key = DayCompound, value = Concentration, -Subject) %>% 
     separate(DayCompound, c("Day", "Compound")) 

# text to annotate graphs 
graphLabels <- data.frame(Compound = c("CompoundA", "CompoundB"), 
          Pval = paste("p =", c(signif(A$p.value, 2), 
               signif(B$p.value, 2)))) 

Ok, teraz, że dane są skonfigurowane, mogę zrobić boxplot dobrze:

ggplot(data.long, aes(x = Day, y = Concentration)) + 
     geom_boxplot() + 
     facet_wrap(~ Compound) + 
     geom_text(data = graphLabels, aes(x = 1.5, y = 10, label = Pval)) 

Ale jeśli chcę Aby wyświetlić wykresy liniowe podkreślające sparowany charakter danych, pokazując każdy obiekt w innym kolorze, etykiety aspektów nie działają.

ggplot(data.long, aes(x = Day, y = Concentration, color = Subject, group = Subject)) + 
     geom_point() + geom_line() + 
     facet_wrap(~ Compound) + 
     geom_text(data = graphLabels, aes(x = 1.5, y = 10, label = Pval)) 

# Error in eval(expr, envir, enclos) : object 'Subject' not found 

Wszelkie sugestie?

Answer 1

Podczas mapowania estetyki (tj. aes(...,color = Subject)) w najwyższym poziomie wywołania ggplot(), te odwzorowania są przekazywane do każdej warstwy, co oznacza, że ​​każda warstwa oczekuje, że dane będą miały zmienne według tych nazw.

albo trzeba podać dane i odwzorowanie oddzielnie w każdej warstwie, lub odmapować im wyraźnie:

ggplot(data.long, aes(x = Day, y = Concentration, color = Subject, group = Subject)) + 
    geom_point() + geom_line() + 
    facet_wrap(~ Compound) + 
    geom_text(data = graphLabels, aes(x = 1.5, y = 10, label = Pval,color = NULL,group= NULL)) 

Istnieje również inherit.aes argument, że można ustawić do FALSE w dowolnej warstwy nie chcesz wciągając te inne odwzorowania, np

ggplot(data.long, aes(x = Day, y = Concentration, color = Subject, group = Subject)) + 
    geom_point() + geom_line() + 
    facet_wrap(~ Compound) + 
    geom_text(data = graphLabels, aes(x = 1.5, y = 10, label = Pval),inherit.aes = FALSE)